Если же нарушение все же произошло, то для устранения проблемы несовместимости можно прибегнуть к утилитам (fsck, chkdsk, scandisk и др.), которые проверяют целостность файловой системы. Они могут запускаться после загрузки или после сбоя и осуществляют многократное сканирование разнообразных структур данных файловой системы в поисках противоречий.
Возможны также эвристические проверки. Hапример, нахождение индексного узла, номер которого превышает их число на диске или поиск в пользовательских директориях файлов, принадлежащих суперпользователю.
К сожалению, приходится констатировать, что не существует никаких средств, гарантирующих абсолютную сохранность информации в файлах, и в тех ситуациях, когда целостность информации нужно гарантировать с высокой степенью надежности, прибегают к дорогостоящим процедурам дублирования.