Другим средством поддержки целостности является заимствованный из систем управления базами данных прием, называемый журнализация (иногда употребляется термин "журналирование"). Последовательность действий с объектами во время файловой операции протоколируется, и если произошел останов системы, то, имея в наличии протокол, можно осуществить откат системы назад в исходное целостное состояние, в котором она пребывала до начала операции. Подобная избыточность может стоить дорого, но она оправданна, так как в случае отказа позволяет реконструировать потерянные данные.
Для отката необходимо, чтобы для каждой протоколируемой в журнале операции существовала обратная. Например, для каталогов и реляционных СУБД это именно так. По этой причине, в отличие от СУБД, в файловых системах протоколируются не все изменения, а лишь изменения метаданных (индексных узлов, записей в каталогах и др.). Изменения в данных пользователя в протокол не заносятся. Кроме того, если протоколировать изменения пользовательских данных, то этим будет нанесен серьезный ущерб производительности системы, поскольку кэширование потеряет смысл.
Журнализация реализована в NTFS, Ext3FS, ReiserFS и других системах. Чтобы подчеркнуть сложность задачи, нужно отметить, что существуют не вполне очевидные проблемы, связанные с процедурой отката. Например, отмена одних изменений может затрагивать данные, уже использованные другими файловыми операциями. Это означает, что такие операции также должны быть отменены. Данная проблема получила название каскадного отката транзакций [Брукшир, 2001]