Впервые в сохранившихся источниках Братеево упоминается лишь в 1628 г., когда оно являлось приселком дворцового села Коломенского. В это время в нем уже стояла деревянная церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи, построенная исстари. Согласно писцовой книге 1633 г., в приходе храма значились 25 дворов.
Перепись 1646 г. отметила в селе церковь, три двора церковного причта и 27 крестьянских дворов, где проживало 34 крестьянина. Через три десятилетия в переписи 1676 г. описывается «дворцового села Коломенского приселок Братеев на Москве на реке, а в нем церковь во имя Усекновения Честные Главы Иоанна Предтечи деревянная, клецки да предел Чюдо Архистратига Михаила . Колоколница на четырех столбах, крыта тесом, на ней четыре колокола, весу в них восемь пуд, церковь от поповых и от крестьянских дворов в дватцати саженях».На церковной земле «сидели» священник с детьми и дьячок, их «усадная земля того ж села со крестьяны вместе, пашни паханые церковные худые земли подле зараз восемь четей в поле, а в дву потому ж, сена в Долгом лугу пять десятин да капуснику полдесятины, а что в приправочных книгах написано: дворы бобылские и места келейные, и бобыли померли, а усадная их и келейная земля припущена к церковному кладбищу». В самом же селе были те же 27 крестьянских дворов, но уже 84 человека мужского пола. Интересно, что один из крестьян имел приемыша, т.е. зависимого работника, а другой — купленного поляка. В крестьянском пользовании находилось «под дворами и огороды усадные земли с церковною восемь десятин, животинного выпуску девять десятин с полдесятиною, пашни паханые середние земли шездесять три чети с третником в поле, а в дву потому ж, лесные по росли новозаповедной рощи олшнягу восемь десятин, ивнягу пять десятин, болото три десятины да за речкою Городенкою по пашне десять десятин, сена в Братеевских лугах подле Долгова озера и по борисовских крестьян покосы сорок три десятины, капустнику две десятины».
Кроме того, крестьяне «из волового денежного оброку», который платили в Приказ Большого Дворца, владели пустошами: «Федора Валищева, Андреева тож» (подле пустоши Соболева), «другое Валищево У Дмитриева пруда», «без трети Олгинино, Демехинская тож» на Хмелевском враге» (третью этой пустоши владели крестьяне села Беседы) и «Крупино, Бряиново другое тож» (в общей сложности 31 четь паханой земли в одном поле, 5 десятин сена в лугах и 25 копен по заполью). Последние три пустоши находились на самой границе дворцовой Коломенской волости, возле речки Хмелевки и «Садковского врага», за которыми начинались уже земли деревни Зябликово Беседской волости. Пустошь Крупино еще в 1646 г. была деревней, но к описываемому времени «крестьяне ис той деревни вышли в приселок Братеево иные померли».
Возле села раскинулись Братеевские луга, в которых косили сено все крестьяне Коломенской волости. Норма пахотной земли на одну мужскую душу составляла в Братееве всего одну с небольшим десятину, тогда как во всей Коломенскои волости ее размер соствлял около 2 десятин.Но при этом следует учитывать качество земель (здесь они были «средние», а в остальных селениях в основном «худыми»).
В 1703 г. в приходе местного храма состояло 38 дворов. Позднее деревянная церковь настолько обветшала, что служить в ней уже не представлялось возможным, и в 1731 г. на ее место был перевезен другой деревянный храм, перенесенный сюда из села Рождествена Московского уезда.
В середине XVIII в. дворцовые крестьяне Коломенской волости были переведены на оброк.
Близость Москвы с ее обширным рынком издавна существовавшие традиции разведения садов в близлежащих Коломенском, Дьякове, Борисове способствовали распространению среди братеевских крестьян садоводства и огородничества, приносивших значительный доход. О зажиточности здешних жителей, помимо свидетельств современников, свидетельствуют ревизские сказки. По сказкам, составленным в 1811 г., отмечены три братеевских крестьянина, выбывших в купечество, причем один — с двумя сыновьями и племянником, а в ревизских сказках 1834 г. — один человек, выбывший в мещанство с сыном. При этом следует учитывать, что для перехода в купечество крестьянину требовалось в течение долгого времени жить в городе, иметь там собственные лавки, дом, а также объявленный капитал не менее 500 рублей.
В 1795 г. в селе числилось 125 душ мужского пола, в 1816 г. — 43 семьи, 140 мужчин, 159 женщин, в 1850 г. — 40 семей, 205 муж чин, 227 женщин.
После 1797 г. Братеево со всей Коломенской волостью перешло в Удельное ведомство, управлявшее собственностью императорской фамилии. Часть населения села составляли старообрядцы (в 1826 г. их было 34 человека, в 1865 г. — 49 человек).
По преданию, в войну 1812 г. в селе размещались части французской армии. Затем их вытеснили казаки, оставившие о себе память в виде выкопанного колодца (его название «Казаков колодец» сохранялось до момента сноса села).
После реформы 1861 г. Братеево вошло в состав Царицынской волости.
По данным 1876 г., здесь было 80 хозяйств, лавка, питейный дом, трактир. В надел крестьяне получили 358,6 десятин земли (используемой до реформы), которая делилась на 225 человек. В крестьянских хозяйствах было зафиксировано 100 лошадей, 77 коров, 100 голов мелкого скота. Основным занятием было садоводство. Сады имели все без исключения дома. Минимальный валовой доход от них составлял на одну душу 10 рублей в год. Высевали также зерновые и картофель. Промыслы не были особо распространены среди братеевских крестьян, тем не менее в 1881 г. 64 человека, в основном женщины, изготовляли гильзы для папирос, 55 человек занимались намоткой хлопчатобумажной нити на катушки. В селе отмечено 3 мастерские по изготовлению канители — тонкой металлической нити, используемой в золотошвейном и позументном производстве. В них работало 6 человек. Крестьянские дети обучались в Борисовском земском училище.
Сельская церковь, по описанию 1887 г., была деревянной, с такоюже колокольней, на каменном фундаменте, покрыта железом. В ней имелось 2 престола: главный — в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи и боковой — св. мученика Власия, устроенный в трапезной на собственное иждивение церковного старосты К.Т. Болховитинова в 1880 г. Церковь была одноэтажной, одноглавой, крыша и глава окрашены медянкой, стены обшиты тесом и покрашены белилами. Колокольня была двухэтажной, первый этаж — из белого камня, второй деревянный, обшит тесом и окрашен белилами. На колокольне было три колокола. В числе достопримечательностей храма отмечались древние иконы и плащаница, резное распятие, по преданию, приплывшее по Москве-реке, изразцовые (по другим данным, резные деревянные) царские врата. Из святынь упоминались части мощей св. мученика Антипия и преподобных Антония и Феодосия Печерских.
Первоначально церковь была холодной, но стараниями священника Н.А. Речменского, служившего в ней в 1870—1888 гг., храм был переделан в теплый. Отец Николай за свою отзывчивость пользовался любовью своих прихожан и много делал для благолепия храма. По скольку приход был немногочисленный и бедный, он настойчиво искал и находил благотворителей в Москве, из которых самым активным стал потомственный почетный гражданин Николай Николаевич Рожнов. В селе отец Николай собирался открыть церковно-приходскую школу и даже нашел для нее попечителя. Так как храм находился на самом берегу Москвы-реки, ему грозила опасность разрушения из-за подмыва берега рекой. Поэтому было решено построить новый храм на Другом месте. Был сделан сбор средств среди крестьян, но полученная сумма оказалась недостаточной. Пришедшему после смерти отца Николая священнику В.А. Кирьякову, также весьма энергичному и распорядительному человеку, чтобы довершить начатое дело, пришлось собирать пожертвования на стороне. 27 мая 1890 г., хотя имелось в наличии только 2700 рублей, была совершена закладка нового каменного храма, и к половине октября он был уже вчерне готов. Храм был поставлен на высоком месте, за селом, «в византийском стиле»,с тремя расположенными в ряд престолами и обширным куполом. Трехъярусный вызолоченный дорогой иконостас для него с голубем из «розок» и горного хрусталя, стоявший ранее в церкви генерал-губернаторского дома, был пожертвован великим князем Сергеем Алесандровичем и его женой Елизаветой Федоровной в обмен на древний иконостас из старой церкви. (Старинные резные царские врата и часть икон старого братеевского иконостаса находились в домовой Александро-Сергиевской церкви генерал-губернаторского дома на Тверской до 1920 г., когда она была закрыта. Ныне они хранятся в музее «Коломенское».)
Из других благотворителей следует отметить крестьянина села Никиту Алексеевича Дрожжина, пожертвовавшего до 4 тыс. руб лей, 218-пудовый колокол и, возможно, кресты на храм; подрядчика Кудрявцева, за свой счет поставившего рамы; владельца музыкального магазина в Москве В.П. Рейнберга, пожертвовавшего священные сосуды; временного московского купца Федора Спиридоновича Рыбакова, поставившего за свой счет иконостасы в оба придела; старосту храма Петра Васильевича Фадеева, расписавшего его за свой счет.
3 ноября 1892 г. состоялось освящение храма с двумя престолами — главным во имя св. Иоанна Предтечи и боковым — во имя св. Архангела Михаила. От старого храма, по свидетельству современников, в это время оставалась уже только трапезная, в которой шла служба в период строительства. 24 июня 1893 г, был освящен второй придел — священномученика Власия. Что касается топографии села, то Братеево располагалось параллельно руслу реки Москвы по склону Братеевского холма с юго-запада на восток.
В конце XIX в здесь существовали улици Шмелевка, Гора, Паромная, Слободка. По берегу реки шла безымянная улица. Самым высоким местом села была юго-западная окраина, здесь стояла топографическая вышка. Восточную окраину замыкала улица Слободка, расположенная перпендикулярно к Москве-реке (ныне на ее месте улица Паромная). Старая Паромная улица шла параллельно Москве-реке от паромного причала до улицы Гора. Паромную переправу в Братееве построил в конце XIX в. уроженец села Софьино, бывший московский приказчик по имени Федор Антонович, который обслуживал ее вместе с сыновьями. Эта переправа просуществовала до 1934 г. В 1911—1913 гг. улицы Гора и Паромная были замощены камнем.
Относительный упадок садоводства в этом районе в конце XIX в., связанный с начавшейся конкуренцией подвозимых по железной дороге с юга ягод, а также с частыми заморозками и нашествиями вредителей, мало коснулся благосостояния жителей Братеева, так как наличие обширных «заводей» по берегу Москвы-реки давало возможность засаживать эти плодородные земли овощными культурами, такими же выгодными, как и плодовые. Среди овощей преобладали капуста, огурцы, свекла, редька (первые три занимали в 1911 г. соответственно 9,9%, 74%, 2,4% засаживаемых земель), причем капусту выращивали и на семена. Сады же занимали в 1911 г. всего 6,7% засаживаемых земель, причем основной культурой стала малина (78,58% всех садовых посадок). Следует также учитывать, что у Братеева береговой вал был не высок и полого спускался к югу, образуя мало защищенные от северных ветров котловины. Из-за опасности вымерзания сажать сады можно было только на южных склонах этих котловин, что во многом ограничивало развитие садоводства в Братееве. Основные площади занимал картофель (60,1%), зерновых было совсем мало. Капусту квасили на зиму в кадках и в дошниках — громадных кадках из сосновых досок, врываемых в землю почти в уровень с поверхностью, вместимостью 1200—1500 пудов (их имела почти четверть хозяйств). Для плотности укладки в дошник влезал человек в сапогах, обернутых чистыми мешками, и утаптывал капусту. Эта капуста шла на продажу, причем дошниковая считалась хуже кадочной.
В 1900 г. напротив церкви открыли начальную церковно-приходскую школу. Она была устроена в прекрасном по тем временам деревянном на каменном основании здании с тремя классными комнатами, приемной, раздевальней и квартирой учительницы. Дети учились в ней три года. Главными предметами в ней кроме Закона Божьего и церковного пения являлись письмо, чтение и арифметика. Девочек кроме этого обучали еще и рукоделию. При школе для местных крестьян периодически устраивали народные чтения с «туманными картинками» (как тогда называли слайды) на духовно-патриотические темы. После революции школа, изменившись в соответствии с новыми порядками, продолжала служить делу просвещения, а ее здание просуществовало вплоть до 1966 г.
В 1911 г. в Братееве числились 323 мужчины и 306 женщин. Отмечены трактир 3-го разряда и 2 овощные лавки. 55 хозяйств нанимали сельскохозяйственных рабочих (по сравнению с окружающими селениями это небольшая доля), использовались они на таких трудоемких работах, как прополка капусты, окопка садов, сбор урожая. В основном это были женщины, приходившие из южных губерний, которых называли «пололки». Промыслами занималось всего 39 человек.
По данным 1926 г., население села составило 837 человек. В 1930-е годы в Братееве был организован колхоз «Путь Ильича», о жизни котором у старожилов Братеева остались весьма нелестные воспоминания. Церковь была в 1930 г. закрыта и отдана под клуб (ее настоятелем тогда был отец Илья Зайцев).
Когда фашисты подошли к Москве, на склонах Братеевского холма были сооружены артпулеметные точки, а рядом расположилась зенитная батарея, участвовавшая в отражении налетов фашистской авиации. Ожесточенные бомбежки привели к тому, что местный храм был полностью разрушен.
В 1950 г. все окрестные колхозы объединились в единый колхоз им. Ленина, причем первоначально планировалось, что его центральной усадьбой станет Братеево. Однако в итоге правление разместилось в соседнем Борисове.
В 1960 г. Братеево вошло в черту Москвы, но вплоть до 1980-х годов, когда здесь началась массовая застройка, продолжало существовать как сельское поселение