Как и в случае с лесным фондом, правовой режим земель водного фонда определяется интересами охраны и рационального использования вод. Земли юридически составляют единство с покрывающими их водами, и соответственно земельные отношения неразрывны с водными. Правовой режим земель водного фонда определяется как земельным, так и водным законодательством. Основное место в системе этого законодательства занимает принятый в 1995 г. Водный кодекс РФ.
Водные объекты могут находиться только в государственной собственности. Передача водных объектов, относящихся к государственной собственности, в собственность муниципальных образований, граждан и юридических лиц не допускается. Невозможны приватизация водных объектов, в том числе земель водного фонда, а также совершение других сделок, влекущих их отчуждение.
Отношения государственной собственности на водные объекты - пример наиболее противоречивого подхода к регулированию этих отношений. Водные объекты делятся на принадлежащие на праве собственности РФ (федеральная собственность) и принадлежащие на праве собственности субъектам РФ (собственность субъектов РФ). В соответствии со ст. 36 Водного кодекса к федеральной собственности могут быть отнесены поверхностные водные объекты федерального значения, включая те, акватории и бассейны которых расположены на территориях двух и более субъектов РФ; водные объекты, предназначенные для удовлетворения общегосударственных нужд, и некоторые другие. В собственности субъектов РФ находятся водные объекты, акватории и бассейны которых полностью расположены в пределах территории соответствующего субъекта РФ и не отнесенные к федеральной собственности.
Для признания водного объекта федеральной собственностью требуется вынесение по каждому водному объекту либо перечню водных объектов решения Правительства РФ по согласованию с органами исполнительной власти субъектов РФ. Право государственной собственности субъекта РФ устанавливается решением органов исполнительной власти такого субъекта по согласованию с соответствующими федеральными органами исполнительной власти.
Решением Правительства РФ утвержден перечень судоходных водных путей, отнесенных к федеральной собственности. Одновременно ст. 67 Конституции РФ предусмотрено, что территорию РФ составляют территории ее субъектов, внутренние воды и территориальное море, воздушное пространство над ними. Из смысла статьи ясно, что как внутренние воды, так и территориальное море не являются территорией субъектов и соответственно не являются субъектной собственностью. Таким образом, можно поставить под сомнение вообще конституционность статей Водного кодекса о собственности субъектов РФ и признать нецелесообразными все попытки разграничить государственную собственность на воды. По Конституции РФ, внутренние воды и территориальное море - федеральная собственность.
Кроме того, смысл разграничения вообще непонятен, если учитывать, что, независимо от права собственности на тот или иной водный объект, функции управления осуществляются взаимосвязанно органами РФ и органами субъектов РФ.
Пользование землями водного фонда является платным. Форма платежа - земельный налог.
Государственное управление в области использования и охраны вод, включая земли водного фонда, возложено на МПР России и его агентства, которое выполняет свои функции непосредственно и через территориальные органы - бассейновые водохозяйственные управления и территориальные комитеты. В функции Федерального агентства по водным ресурсам входят выдача лицензий на водопользование, принятие схем комплексного использования и охраны водных объектов, разработка совместно с другими ведомствами нормативов предельно допустимых вредных воздействий, ведение мониторинга, государственного водного кадастра.