Система Windows 98 и последующие версии более производительны по сравнению с предшествующими операционными системами (включая Windows 95). Это обеспечивается благодаря тому, что файловая система FAT-32 позволяет более рационально по сравнению с системой FAT-16 использовать диски. На дисках FAT-32 формируются кластеры меньших размеров, чем на дисках FAT-16, в результате чего повышается эффективность использования диска. В состав Windows 98 (и последующих версий) включена специальная программа, которая позволяет быстро и безопасно преобразовать на диске файловую систему FAT-16 в файловую систему FAT-32.