На чале дзяржаўнай канцылярыі
У 1589 годзе ў найвышэйшых структурах улады вялікага Княства адбыліся змены. Пасля смерці Астафея Валовіча (канец 1587 года) віленскае ваяводства перайшло да Крыштафа Мікалая Радзівіла Перуна. Л. Сапега атрымаў вакантную пасаду канцлера, узначаліўшы адзін з адказных органаў выканаўчае ўлады гаспадарства. Ад яго цяпер цалкам залежала практычнае ажыццяўленне ўнутранай і вонкавай палітыкі Княства: падрыхтоўка сваіх і і прыйманне замежных пасольстваў, правядзенне павятовых соймікаў і галоўных з’ездаў Княства. На плечы Сапегі лягла адказнасць за дзейнасць мясцовых уладаў, праваахоўных установах, урэгулыванне канфліктаў між дзяржаваю і царквою ды многае іншае. Адным словам. Канцлер Княства знаходзіўся на скрыжаванні ўсіх жыццёва важных артэрыяў гаспадарства.
Аднак у сваіх дзеяннях, у правядзенні адметнай палітычнай лініі Княчтва Л. Сапега і на пасадзе канцлера не быў цалкам свабодны. Нягледзячы на новае заканадаўства, у гаспадарстве па-ранейшаму прысутнічаў адзін с парадоксаў улады. Ні ўрад, ў які акрамя канцлера ды падканцлера ўваходзілі ваяводы, кашталяны, вялікі гетман, падскарбі, вялікі, надворны ды трыбунальны маршалкі, ні галоўны заканадаўчы орган Княства — Вальны Сойм – не валодалі напоўніцу эканамічнымі правамі на тэрыторыі свайго ж гаспадарства. Яны, гаворачы сённяшняю моваю, фактычна не вызначалі кадравай палітыкі Княства. Права прызначэння на кіраўнічыя гаспадарскія пасады трымаў у сваіх руках манарх. У выніку ўся без выключэння беларуская шляхта на справе матэрыяльна амаль цалкам залежала ад вялікага князя, бо ён падпісваў прывілеі на вольныя землі, а таксама на свецкія і духоўныя вакансіі.
Пры гэтакай даволі спецыфічнай форме абмежаванай манархіі ў Вялікім Княстве любая палітычная апазіцыя гаспадар узаўсёды параўнальна лёгка ім разбівалася. А метад “пугі і перніка”, які мзазвычай карысталіся манархі, дазваляў пры неабходнасці ў любы момант пасварыць беларускіх паноў. У выніку многія шляхціцы нярэдка станавіліся ў руках гаспадароў ледзьве не паслухмянымі марыянеткамі.
Л. Сапега як пастрыёт ды, урэшце, уладалюбівая асоба не жадаў мірыцца з неабмежаванымі дзеяннямі новага манарха, трагічныя вынікі якіх для княчтва ўжо былі відавочныя. Ён пачаў самаахвярную барацьбу з Жыгімонтам IIIВазам за поўную самастойнасць Княства, імкнучыся прымусіць яго паважаць вялікакняскія законы.
Канцлер найперш катэгарычна запатрабаваў, каб вялікій князь выконваў прынятыя на сябе абавязкі, нарэшце, успомніў свае нядаўнія абяцанніяму і перастаў без узгаднення з урадам Вялікаг аКнясва раздаваць прывілеі на землі, а таксама на свецкія і царкоўныя пасады.