Заложена в октябре 1905 г. на заводе Крейтона на Охте в Петербурге. 14.06.1907 г. лодке присвоено наименование «Аллигатор». Спущена на воду 3 мая 1908 г. Предварительные испытания проводились в Кронштадте в сентябре-октябре. В конце октября лодку отбуксировали в Петербург к Новому Адмиралтейству, где были продолжены работы по достройке лодки. 30 октября 1909 г. лодка вышла в Бьерке-Зунд для проведения заводских испытаний. Во время одного из выходов на лодке сломался коленчатый вал бензиномотора правого борта. Причиной поломки оказалось низкое качество стали. Учитывая множество выявившихся недостатков по согласованию с фирмой С. Лэка 20 ноября 1909 г. лодка была принята в казну для достройки. В зимний период 1909-1910 гг. на лодке проводились работы по устранению выявившихся на испытаниях недоработок.
Сдаточные испытания начались в июне 1910 г. 12 августа лодка погрузилась в Бьерке-Зунде на 33,8 м. 29 октября лодка перешла из Кронштадта в Ревель. Зимой 1910-1911 гг. в Ревеле выполнялись работы по переделкам лодки, вызванные выявившейся на испытаниях перегрузкой. После проведения дополнительных испытаний, закончившихся 11.07.1911 г., ПЛ «Аллигатор» 28.08.1911 зачислена в состав кораблей действующего флота. Использовалась для обучения личного состава Учебного отряда подводного плавания. В 1912 г. принимала участие в маневрах, в 1913 г. отрабатывала тактику позиционной службы.
С началом первой мировой войны приняла активное участие в боевых операциях флота. В 1914 году совершила 4 кратковременных боевых выхода. 10 октября 1914 г. совместно с ПЛ «Акула» лодка была направлена в район Дагерорта. При выходе из Соэлозунда обе лодки сели на мель. ПЛ «Акула» снялась с мели самостоятельно. Для съема ПЛ «Аллигатор» была послана канонерская лодка «Храбрый», а для прикрытия крейсера «Громобой» и «Адмирал Макаров». При съемке с мели у лодки был погнут вал. Вновь выйти на боевую позицию лодка смогла только 15 декабря. В зимний период 1914-1915 гг. находилась в Ревеле в ремонте. 13 июня 1915 г. лодка находилась на боевой позиции в районе Богшера. В 22 часа командир лодки капитан 2 ранга Р. Вильронд, находясь в подводном положении, определил, что навстречу ему идет крейсер типа «Нимфа» с двумя миноносцами. Было выпущено 3 торпеды — из двух аппаратов Джевецкого и одного носового трубчатого. Сразу после залпа лодка ушла на глубину 18 м. Все три торпеды прошли впереди носа крейсера. На лодке же был услышан взрыв, принятый за взрыв торпеды. Всплыв через 10 минут под перископ, командир определил, что в районе находится уже 4 миноносца, охраняющие какое-то большое судно. Как выяснилось впоследствии, следом за этой группой шел минный заградитель «Альбатрос» с 350 противолодочными минами для постановки мин в районе Богшера. Решив, что это поврежденный крейсер, командир с расстояния 8 каб. атаковал его, выпустив торпеду из носового аппарата. Взрыва не было слышно. Лодка ушла на глубину 18 м. При попытках всплыть каждый раз командир наблюдал вблизи лодки силуэт корабля, идущего на лодку. И только в 2 ч. 55 мин. ночи, всплыв на поверхность, командир вскоре понял, что находится непосредственно в районе постановки мин. С обоих бортов и по курсу лодки были обнаружены плавающие мины со стеклянными колпачками. Очевидно, что под угрозой повторных атак подводных лодок немцы сбрасывали мины наскоро, не приготовив их как следует, в результате чего мины всплывали и стояли без соблюдения необходимых интервалов.
С большим трудом, идя под электромоторами, командир вывел лодку на чистую воду, пройдя путь в 4,25 мили по минному полю, обойдя до 60 мин. Штурман определил границы минных полей и через несколько минут в эфир пошло сообщение об опасности. Утром того же дня русские крейсеры должны были проходить через эти места. За проявленное мужество, предотвратившее гибель подводной лодки, воспрепятствование минной постановке и своевременный доклад командованию флота об обнаруженном ПЛ «Аллигатор» минном поле, капитан 2 ранга Р. Вальронд был награжден мечами и бантом к ордену «Святой Анны III степени».
2 августа 1915 года на ПЛ «Кайман», шедшую на глубине 9 метров, сбросил две бомбы германский цеппелин. 13 августа ПЛ проходила Ирбенским проливом и, обнаружив 2 миноносца, приняла их за своих. Миноносцы открыли огонь по лодке, после чего лодка пошла на погружение. Глубина в месте погружения была 9 метров, а углубление лодки на перископной глубине составляло 12,5 м. Лодка ползла по грунту около 4-х миль, при этом надстройка оставалась над водой; затем достигла необходимых глубин, погрузилась полностью и оторвалась от немецких миноносцев. Вечером того же дня атаковала крейсер «Пиллау», но была обнаружена; крейсер уклонился от торпед, конвойные миноносцы открыли по лодке артиллерийский огонь. Погрузившись на глубину 15 м и пройдя под водой 40 минут, лодка вновь оторвалась от преследования. 23 октября ПЛ «Кайман» задержала германский пароход «Герта Бихт» с грузом леса и передала его миноносцу «Послушный».
Команда «Аллигатора» преподнесла своему командиру кортик с надписью: «Нашему боевому командиру Ростиславу Константиновичу Вальронду команда подводной лодки „Аллигатор“ за храбрость». Эта реликвия хранится в Центральном Военно-морском музее в Санкт-Петербурге.
Всего лодка совершила 12 боевых походов, 33 сутки находилась в походах, 21 сутки провела на боевых позициях, 4 раза атаковала вражеские корабли, выпустила 10 торпед. Зимой 1915-1916 гг. дислоцировалась в Ревеле. Из-за больших повреждений надстройки (надстройка сильно текла, в концевые цистерны в час набиралось до 12 тонн воды) ремонт лодки признали нецелесообразным.
12 мая 1916 г., возвратившись из похода, командир лодки доложил о необходимости ремонта палубы надстройки. Было принято решение корабль разоружить и 7 июля 1916 г. «Аллигатор» перевели в класс портовых судов, но оставили в составе Дивизии подводных лодок в качестве плавучей зарядовой станции для подачи электроэнергии и воздуха на боевые подводные лодки. 4.05.1917 г. лодка была сдана к порту. В начале 1918 г. лодка находилась в Ревеле, где 25 февраля была захвачена германскими войсками. Предположительно ПЛ уведена в Германию, где была разрезана на металлолом.
Тактико-технические элементы
Длина, м 41
Ширина, м 4,2
Осадка, м 4,9
Водоизмещение надводное/подводное, т 409 / 482
Мощность двигателей надводного/подводного хода, л.с. 2х400 / 2х200
Скорость надводного/подводного хода, узл. 8,4 / 7,0
Дальность плавания надводным/подводным ходом, миль 700 / 22
Глубина погружения, м 50
Вооружение
47 мм артиллерийское орудие (установлено в начале войны) 1
Торпеды в трубчатых торпедных аппаратах (2 носовых, 2 кормовых) 4
Торпеды в наружных решетчатых аппаратах Джевецкого 2