Каждая из структур РРИСО строится по своим законам, поэтому, не стоит ожидать изоморфизма между парами структур. Идеально, если одни структуры являются надстройками над другими, использующими механизмы нижележащих структур, подобно тому, как РРИСО в целом является надстройкой над транспортной сетью.
Однако процесс создания и ввода в действие информационной системы накладывает некоторые условия на согласование структур. Этот процесс состоит из последовательного создания функционально полных подсистем. Каждая подсистема содержит и структуру реализации, и функциональную структуру, типы данных, географически ориентированную структуру и структуру с точки зрения пользователя. Нельзя сказать, что подсистема – это некий вертикальный разрез упомянутых структур, и РРИСО – объединение непересекающихся подсистем. Скорее, напротив, одноименные структуры, входящие в состав разных подсистем, в значительной мере пересекаются. Вследствие этого создание первой (по очереди) функционально полной подсистемы – это создание значительной части РРИСО.