Папа Гонорий был первым папой, впавшим в ересь. Он был единомысленником с Константинопольским патриархом Сергием - монофелитом. Сохранилось два послания Гонория Сергию монофелитического характера.
Именно как монофелит Гонорий был осужден на VI Вселенском соборе, который проходил при участии легатов папы (Льва II, так как Гонорий уже к тому времени умер). Решения собора папами всегда признавались, и на протяжении веков наряду с другими еретиками Римские епископы анафематствовали также и Гонория. На соборе 869 г. (Малый Софийский
собор, против Фотия) тоже был анафематствован Гонорий. И это признание осуждения Гонория Римскими епископами очень существенно.
Позже уже появились попытки оправдания Гонория: дескать, осужден не папа Гонорий, а его послания, которые имели интимный характер (частная переписка). Но, на самом деле, это были официальные послания, касающиеся текущих дел Церкви.
Сейчас даже говорят, что Гонорий внутри был не еретик, а внешне выражался так, что навлек на себя осуждение епископов. Современные католики говорят, что научно невозможно доказать еретичество Гонория. Ведь примат папы и непогрешимость его - предмет веры, догмат у католиков; и они верят, что Гонорий как папа был внутренне непогрешим.