Центральным органом федеральной исполнительной власти в области охраны ОПС является Министерство природных ресурсов РФ. В его состав входят Федеральные агентства (водных ресурсов, по недропользованию, лесного хозяйства), а также Федеральная служба по надзору в сфере природопользования. Этот государственный орган имеет соответствующие подразделения в субъектах федерации (например, в Новосибирской области имеется новосибирский областной комитет охраны окружающей среды и природных ресурсов), а также во многих городах и районах. Министерство и его комитеты направляет и координирует всю природоохранную деятельность в стране, осуществляет контрольно-инспекционную деятельность, руководит заповедным фондом, развивает международное экологическое сотрудничество.
Важнейшими функциями местных комитетов по охране окружающей среды являются:
· проведение государственной экологической экспертизы;
· выдача разрешений на выбросы и сбросы вредных веществ;
· выдача разрешений на захоронение токсичных отходов;
· определение нормативов, лимитов и условий природопользования;
· координация деятельности экологических служб, предприятий, учреждений, организаций независимо от форм собственности и подчиненности.
Экологический контроль за состоянием ОПС, прежде всего атмосферного воздуха и поверхностных вод, осуществляет Федеральная служба России по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды (Росгидромет). С этой целью в стране организована широкая сеть наблюдательных пунктов, постов, станций.
Ликвидация последствий экологических катастроф, вызванных стихийными бедствиями и производственными авариями, находится в ведении Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий (МЧС России).
Важные функции в составе государственных органов экологического управления выполняют также Госатомнадзор России (вопросы, связанные с производством и использованием атомной энергии), Госгортехнадзор (контроль за использованием недр), МВД России (охрана атмосферного воздуха от загрязнения транспортом, санитарно-экологическая служба муниципальной милиции).