Согласно ч. 3 ст. 97 УК, порядок исполнения принудительных мер медицинского характера определяется уголовно-исполнительным законодательством России и иными федеральными законами. В частности, имеется в виду, Закон РФ «О психиатрической помощи и гарантиях прав граждан при ее оказании».
Принудительные меры медицинского характера применяются к лицу, совершившему общественно опасное деяние и признанному в установленном порядке невменяемым, которому не назначено наказание. Если субъект совершил преступление в состоянии вменяемости, но, по мнению специалистов, нуждается в лечении от алкоголизма или наркотической зависимости, или психических расстройств, не исключающих вменяемости, то такому лицу суд назначает наказание и принудительные меры медицинского характера, которые могут исполняться параллельно с исполнением наказания либо предшествовать его исполнению. Мера наказания параллельно с принудительной мерой медицинского характера определяется также лицу, которое заболело психической болезнью после совершения преступления.
Если субъекту назначается наказание наряду с принудительными мерами медицинского характера, то, как правило, последние исполняются прежде исполнения наказания.
При изменении психического состояния лица, подвергнутого принудительным мерам медицинского воздействия, суд по представлению администрации учреждения, осуществляющего принудительное лечение, может изменить вид принудительной меры, прекратить лечение или, напротив, продлить его.
Сроки, в течение которых субъект проходит обязательное лечение, не установлены ни законом, ни иным подзаконным актом. Их продолжительность зависит исключительно от достижения целей, стоящих перед принудительными мерами медицинского характера. Однако, согласно правилу ч. 2 ст. 102 УК, лицо, содержащееся под наблюдением врача-психиатра, подлежит освидетельствованию компетентной врачебной комиссией не реже одного раза в шесть месяцев для решения вопроса о наличии оснований его дальнейшего содержания в соответствующем учреждении. С учетом решения комиссии суд может изменить меру содержания, прекратить исполнение меры медицинского воздействия или продлить время ее исполнения. Первое продление принудительного лечения можно проводить по истечении шести месяцев с момента начала лечения, в последующем продление принудительного лечения производится ежегодно.
При параллельном применении принудительных мер медицинского характера и наказания сроки содержания в психиатрическом стационаре засчитываются в срок отбывания наказания, установленного судом. В ст. 103 УК изложены правила зачета времени применения принудительных мер медицинского характера только в отношении лишения свободы: из расчета один день пребывания в психиатрическом стационаре за один день лишения свободы.