Церковно-исторические знания проникли в среду русских книжных людей, преимущественно духовенства, вместе с самим христианством; источником их были агиографические сборники, творения святых отцов и византийские всемирно-исторические хроники в славянских переводах, выборках и обработках.
Весьма долго русские пользовались ими в целях богословско-полемических. Так как девиз православия — хранение предания, то при всяком возникавшем крупном разномыслии по вопросам догмата или канона каждая сторона стремилась доказать, что предание, то есть история церкви, на ее стороне. Так было, например, в XV — XVI веках, в эпоху разделения русской метрополии, споров о монастырских землях и ересей стригольников, жидовствующих и Феодосия Косого; но особенно энергичный толчок полемике дан был Брестской унией и попытками протестантских богословов войти в общение с восточной церковью, а затем исправлением книг и расколом старообрядства.
Замечательнейшие труды русских книжников XV — XVII веков: «Просветитель» Иосифа Волоцкого, «Великие Минеи-Четии» митрополита Макария, трактат Адама Зерникова о Святом Духе и сочинения Христофора Филалета (Брянского) против унии. Более правильно и устойчиво церковно-исторические знания стали культивироваться сперва в Западной Руси, в школах православных братств и особенно в Киевской академии; оттуда они перешли в Москву, в Славяно-Греко-Латинскую академию. В полемических сочинениях первой эпохи борьбы с расколом обе стороны посвящают много внимания истории и археологии церкви; так например, в «Поморских ответах» братьев Денисовых содержатся целые трактаты, выполненные местами с большим знанием дела и остроумием (например, «ответ» о двуперстии и в особенности блестящая критика подложного «деяния на еретика Мартина», выдвинутого против раскольников известным Питиримом Нижегородским). В XVIII веке церковно-исторические знания в России, сравнительно с XVII веком, пришли скорее в упадок, чем поднялись, несмотря на умножение духовных училищ, а потом, постепенно, и академий.
Выдающимся историком конца XVIII и начала XIX века может быть назван только митрополит Платон. Вслед за ним явился весьма видным деятелем не только церковной, но и вообще русской истории и археологии киевский митрополит Евгений (Болховитинов), трудами которого, главным образом по собиранию, описанию и систематизации всякого рода памятников старины, руководила непосредственно любовь к такому изучению помимо богословских целей. Религиозное оживление, охватившее всю Европу после 1815 г., создало на Западе историческую богословскую школу, в которой церковная история приобрела, наконец, полную самостоятельность особой научной дисциплины. В русской церковно-исторической науке этот благоприятный поворот долго не мог сказаться с полной силой и ясностью: в деятелях чисто научного духа недостатка не было, но господствовавший режим стремился удержать их в старой, вероисповедно-полемической колее, и заставить служить целям официальной народности и официального православия. Вследствие этого наука далеко не получила всего, чего могла ожидать, например, от протопопа Павского (первого русского богослова-гебраиста), профессора Гилярова (талантливого расколоведа, одну сторону воззрений которого потом непомерно развил Щапов ) и других. С вступлением на престол императора Александра II внешние условия стали гораздо благоприятнее, особенно после издания устава духовных академий 1874 г. Русская церковно-историческая наука остается православной, но деятели ее начинают чаще и живее отзываться на течения западной науки, и стремятся усвоить общеисторический метод, сблизиться с русскими светскими историками. Впрочем, в этом отношении и до сих пор дело еще не доведено до желанного положения; между прочим, этому содействовал и личный характер некоторых из деятелей русской церковно-исторической науки — их крайняя скромность и замкнутость, их крайне недоверчивое отношение к результатам собственных исследований, к собственным взглядам и теориям. Все знавшие, например, профессора протопопа Горского говорят, что по его печатным трудам нельзя и понятия себе составить об обилии его знаний и глубине его исторического понимания; тоже надо сказать и о некоторых других профессорах, например Ловягине и Чельцове. В духовных академиях имеются по церковной истории несколько специальных кафедр (история Вселенской церкви, русской церкви, западных исповеданий, славянских церквей, русского раскола); духовная цензура во многих областях чисто исторического характера не ставит препятствий критическому исследованию и изложению фактов, требуя лишь православного отношения к ним (при Александре II ставились внешние преграды лишь лицам, считавшимся крайними отрицателями, например, Ф. Терновскому ). Преобладающие направления русской церковно-исторической науки за время с 1855 по 1899 г. — с одной стороны, старое, вероисповедно-полемическое, с другой стороны, новое, историко-критическое. Отличительная черта этого периода — появление ряда самостоятельных русских работ по истории церкви Вселенской, византийской и даже западной, тогда как ранее русские являлись с самостоятельными работами почти исключительно по истории русской церкви. Историко-критическое направление не дозволяет широких историко-философских концепций; отсюда другая преобладающая черта — монографичность и бедность выходящих за пределы монографии обобщений. Обязанности духовного пастырства отвлекают от научной работы много молодых сил; можно назвать ряд исследователей, замолкнувших совсем или почти совсем после магистерской диссертации. Из научных деятелей выдаются по палеографии, библиологии, археологии — профессор протоиерей Горский, архимандрит Леонид, Амфилохий, Порфирий (Успенский), профессор Н. Покровский, Красносельцев (умер в 1898 г.), Дмитриевский; по всеобщей церковной истории — профессор И.Е. Троицкий («Арсений и арсениты» — замечательный взгляд на взаимоотношения белого и черного духовенства в западной и восточной церкви и на влияние этих отношений на судьбы обеих церквей), профессор А. Воронов («Кирилл и Мефодий»), протоиерей А.И. Иванцов-Платонов («Ереси и расколы III первых веков христианства»), профессор В.В. Болотов, один из первых знатоков церковной истории не только в России, но и в Европе («Учение Оригена о Святой Троице» и множество важных журнальных статей особенно по истории Востока), профессора Курганов, Голубев, Лебедев (собрание сочинений А.И. Лебедева, выходящее теперь в свет, дает полную историю церкви до разделения и византийско-восточной церкви до наших дней); по церковной литературе: архиепископ Филарет Гумилевский («Историческое учение об отцах церкви»), архимандрит Сергий («Полный месяцеслов Востока» — ценный свод сведений из житий святых восточной церкви), профессор Н.Н. Глубоковский («Блаженный Феодорит, епископ Кирский»), А. Спасский («Аполлинарий Лаодикийский»); по истории русской церкви — архиепископ Филарет Гумилевский («История русской церкви»), митрополит Макарий («История русской церкви»), профессор Е.Е. Голубинский («История русской церкви в домонгольский период» и ряд статей в журнале «Богословский Вестник», составляющих ее продолжение), протоиерей П. Николаевский («Учреждение патриаршества в России»), П. Знаменский, священник Морошкин («Иезуиты в России», «Воссоединение унии»), профессор Коялович («История воссоединения западно-русских униатов»), Ю.Ф. Самарин («Феофан Прокопович»). Постоянными органами церковной науки служат журналы духовных академий: «Христианское Чтение» (Санкт-Петербург), «Богословский Вестник» (Москва), «Труды Киевской Духовной Академии» (Киев), «Православный Собеседник» (Казань). Творения святых отцов в русском переводе издаются при Московской, Петербургской и Киевской духовных академиях; из изданий Казанской академии особенно важен перевод деяний Вселенских соборов. Другие периодические органы, где являлись и являются ценные статьи: «Вера и Разум», «Чтения в обществе любителей духовного просвещения», «Чтения в обществе любителей древней письменности», «Чтения Московского Общества Истории и Древностей Российских», «Странник», «Душеполезное Чтение», «Православное Обозрение», «Русский Вестник», «Русское Обозрение», «Византийский Временник». Славянофилы — Хомяков и Киреевский — дали первую русскую философию церкви и ее истории. Теория церкви Хомякова нашла в церковной православной среде и поклонников, и противников; отношение к ней церкви и факультетской науки доселе не установилось, но она во всяком случае остается глубоко интересным и знаменательным явлением. Наследниками взгляда Хомякова на сущность исповеданий явились у нас К.Н. Бестужев-Рюмин, Н.Я. Данилевский, Н.Н. Страхов и другие; из присяжных деятелей церковной науки во многом был солидарен с ней протоиерей профессор А.И. Иванцов-Платонов; славянофильская же теория дала толчок к теориям церкви и ее истории К.Н. Леонтьева и Владимира Соловьева («La Russie et l'eglise universelle»).