Основные работы по организации особо охраняемых природных территорий в Хакасии начали развиваться лишь в 1970-х годах. В это время ботаники заговорили о необходимости заповедования Хакасских степей. Большую работу в этом плане проделали сотрудники Центрально-Сибирского ботанического сада СО АН СССР (г. Новосибирск) под руководством А.В.Куминовой, которые на протяжении более трех десятков лет занимались изучением растительного покрова Хакасии. Они не только обосновали необходимость создания степного заповедника, который должен иметь обще сибирское значение, но и подобрали для него участок - массив г. Саксары. Все это, а также одновременно подготовленное сотрудниками лабораторией экологии лесных животных Института Леса и древесины СО АН СССР зоологическое обоснование о необходимости создания Хакасского степного заповедника позволило в 1975 году включить его в перспективный пятилетний план организации заповедников в РСФСР. В 1990 г. началось проектирование, и в августе 1991 года вышло постановление Совета Министров РСФСР "Об организации государственного природного заповедника "Чазы". Заповедник был организован на 7 участках в четырех административных районах общей площадью 24,1 тыс. га. Позднее, в 1998 году, к заповеднику "чазы" была присоединена дополнительная территория - "Озеро Улух-Коль".
В конце 70-х гг. возникла угроза массовых лесоразработок в бассейне р. Малый Абакан. Существовавший тогда режим орехово-промысловой зоны не гарантировал эту тайгу от наступления лесорубов. Республиканский заказник "Малый Абакан" был учреждён в 1980 г. на площади 100 тыс. га. Таким образом был поставлен заслон перед лесорубами. На части территории заказника был создан государственный природный заповедник "Малый Абакан", утверждённый постановлением Совета Министров Российской Федерации от 08.09.1993 г. N 816 на площади 104,5 тыс. га. В ноябре 1999 года заповедники "Чазы" и "Малый Абакан" были объединены в один государственный природный заповедник "Хакасский". В мае 2001 г. был присоединён участок "Заимка Лыковых". На данный момент, заповедник состоит из 9 кластерных участков общей площадью 274,6 тыс. га.
Территория участка "Подзаплотные болота" и его окрестности насыщены историческими памятниками (5 век до нашей эры - 5 век нашей эры ). Участок "Озеро Иткуль" тоже интересен в историческом плане. Здесь находятся скопления курганов, места стоянок древнего человека, древнейшие оросительные системы, которым более 2,5 тысяч лет. На участке "Оглахты" находится уникальный комплекс историко-культурного наследия - поселение неолитической эпохи ( около 10 тысяч лет тому назад). Имеются наскальные рисунки, возраст которых 3-10 тысяч лет. Найдены памятники средневековой Хакасии (9-11 век нашей эры). Поблизости от участка "Камызякская степь"
расположен комплекс древних курганов "Салбыкские" - самых крупных курганов на территории Хакасии. Этот комплекс получил название "Долина вождей". Здесь же находится, раскопанный в 1957 году профессором Киселевым, самый большой курган "Салбыкский", высота которого достигала 18 метров, а диаметр -120 метров. Каменная ограда этого кургана (70 х 70 метров) выложена из плит весом от 20 до 60 тонн, неизвестно каким образом доставленных сюда из каменоломни, находящейся в 30 километрах. И это во 2-3 веке до новой эры ! На самом участке имеются скифские захоронения (7-2 век до нашей эры) и курганы (10-11 век нашей эры), а также древнейшая сеть оросительных систем.
Природа Хакасского заповедника
Участок "ПОДЗАПЛОТНЫЕ БОЛОТА". Участок расположен в Июсской лесостепи между Ширинской озерно-котловинной степью и низкогорьями Кузнецкого Алатау. Рельеф участка неоднороден. Здесь четко выделяется речная долина р. Кизилки, надпойменная терраса, куэстообразные горные кряжи с выходами скал (низкогорные отроги Кузнецкого Алатау) и межгорные долины. Обширная пойма р. Кизилка, примыкающая к пойме р. Белый Июс, практически полностью занята низинными болотами и в меньшей степени пойменными лугами. Среди болот имеется множество мелких озерин. Два более крупных минерализованных озера "Лиственки" расположены в замкнутой межгорной котловине в 150 метрах друг от друга. Растительность представлена преимущественно степными фитоценозами. Широко распространены мелко-дерновинные (злаковые) и каменистые степи. Незначительные участки занимают крупно-дерновинные (ковыльные), луговые и солонцеватые степи. Луговая растительность представлена пойменными и суходольными остепненными лугами. На более возвышенных местах среди болот распространены куртинные заросли ивы с незначительным участием березы. Древесно-кустарниковая растительность произрастает на северных и северо-восточных склонах горных возвышенностей. Древостой большей частью смешаный и представлен березой и лиственницей с небольшой примесью осины. Подлесок хорошо развит и состоит из караганы, спирей, шиповника и кизильника. Кустарниковые заросли встречаются и вне леса - по логам.
Участок "ОЗЕРО БЕЛЁ". Расположен в Ширинской озерно-котловинной степи. Рельеф холмистый с небольшими равнинными участками. Участок охватывает юго-восточную, северную и юго-западную окраины малого плёса оз. Белё, а также юго-воточный залив большого плёса. Растительность целиком принадлежит степному комплексу. Встречаются участки луговых степей. Большой процент площади данного участка
составляют залежи. По днищам логов разбросаны заросли черёмухи, боярышника, кизильника, караганы, спиреи.
Участок "ОЗЕРО ШИРА". Участок расположен в Ширинской озерно-котловинной степи Июсо-Ширинского (Северо-Хакасского) степного округа, в юго-восточной части оз. Шира. Площадь - 1397 га. Рельеф участка слабохолмистый, почти равнинный и включает приозерные террасы и заболоченную долину, по которой протекает р. Сон, впадающая в озеро. Озеро Шира - сильно минерализированный водоем, обладающий высокими лечебными качествами. Растительность представлена в основном степными, залежными, луговыми и болотными формациями. По берегам озера и в пойме р. Сон встречаются тростниковые заросли. Здесь же произрастают небольшие куртины ивняка. Небольшую площадь вдоль берега озера занимает березово-лиственничный перелесок паркового типа.
Участок "ОЗЕРО ИТКУЛЬ". На территории этого участка расположено пять небольших слабоминерализованных озер и крупное озеро Иткуль, вода которого считается самой чистой из всех озер Хакасии, и этот водоем обеспечивает питьевой водой курорт озера Шира и поселок Жемчужный. Берега озера Иткуль большей частью пологие, в юго-западной части заболочены, а в северо-западной и южной части - крутые. Территория заповедного участка являет собой редкое сочетание практически всех степных растительных сообществ Хакасии.
Участок "ОГЛАХТЫ". Расположен в Центрально-Хакасском степном округе на берегу Красноярского водохранилища. Большая часть территории занята каменистыми степями. В меньшей степени выражена мелкодерновидная cтепь. Встречаются участки луговой степи, суходольных лугов, растительности скал. По северным склонам гор распространены березовые перелески и заросли степных кустарников.
Участок "КАМЫЗЯКСКАЯ СТЕПЬ". Участок расположен в Уйбатской и Карасукской степях Центрально-Хакасского степного округа. Растительность представлена в основном мелкодерновинными степными ассоциациями, где ведущая роль принадлежит злакам. Травостой разрежённый и невысокий. Из кустарников обычны караганы карликовые. Небольшими вкраплениями отмечаются солончаковые степи. Значительное место занято каменистой степью с различными стадиями развития от опустыненных до луговых. В 5 километрах к югу от участка "Камызякская степь" находится орнитоголический заказник озеро Улух Коль, находящийся в ведении заповедника "Хакасский". Улух-Коль представляет значительный интерес как в природоохранном, так и в научном плане. В настоящее время озеру Улух-Коль придан международный статус особо охраняемых водно-болотных угодий.
Участок "ХОЛ-БОГАЗ". Участок расположен в отрогах Батеневского кряжа. Рельеф резко расчлененный с крутыми склонами южной экспозиции и более пологими северными. Тип растительности степной и представлен крупнодерновинными и луговыми степными ассоциациями. Границы между ассоциациями луговых степей, остепненных лугов и лесов расплывчаты. Древесно-кустарниковая растительность представлена березовыми, лиственничными и смешанными берёзово-лиственничными лесами с хорошо развитым подлеском и травостоем.
Участок "МАЛЫЙ АБАКАН". Для участка характерны три основных типа рельефа - альпийский высокогорный резкорасчлененный, массивно-высокогорный и среднегорный эрозионный. Здесь проходят русла многочисленных ручьёв и малых рек. Самой крупной рекой является Малый Абакан. В высокогорной части разбросаны многочисленные небольшие горные каровые озера. Особенностью участка является то, что, он расположен на границе трех геоботанических округов. В закономерностях распределения растительного покрова четко выделяются два пояса - высокогорный и горно-таежный. Растительность принадлежит лесному, луговому и тундровому типу. Инвентаризация флоры участка не завершена, по этой причине нет точного числа произрастающих видов растений. В настоящее время отмечено около 400 видов высших сосудистых растений.
Участок "ЗАИМКА ЛЫКОВЫХ". Участок образован в мае 2001 года и практически не исследован. Своеобразный микроклимат межгорной долины рек Каратош и Изерла, ландшафтное разнообразие, а также малоснежье (20-30 см) по сравнению с сопредельными территориями, где высота снежного покрова достигает 1,0-1,5 м и обильная кормовая база создают оптимальные условия для зимовки диких животных, мигрирующих с прилежащих территорий на стыке границ трех республик (Хакасия, Тыва и Алтай). До настоящего времени хозяйственная деятельность на данной территории ограничивалась промысловой охотой (преимущественно добыча соболя) и незначительным сбором дикоросов (ягоды, орехи, лекарственные травы). Не случайно, бежавшая от цивилизации семья староверов Лыковых избрала этот район Саян для поселения. Других поселений на территории участка нет. Участок "Заимка Лыковых" считается эталоном дикой природы Западного Саяна, имеющий важное значение в сохранении биологического разнообразия административно разобщенных республик. Растительный покров исследован не в полной мере. Выделяются горно-таежный и высокогорный пояса.
Животные Хакасского заповедника
В заповеднике представлены 3 вида земноводных, 6 видов пресмыкающихся, 60 видов млекопитающих, 244 вида птиц. Встречается значительное количество различных видов рыб.
Из редких видов птиц, занесённых в Красную книгу России, на участке "Подзаплоты" обитают сапсан, балобан, беркут, а гнездящийся здесь орел-могильник занесен в Красную книгу Международного Союза охраны природы (МСОП).
В озере Белё обитает аборигенная популяция окуня. Вода в озере по солевому составу близка к морской, и используется для акклиматизации ценных пород рыб (кета, форель). На участке отмечено 136 видов птиц, 15 видов млекопитающих и 5 видов пресмыкающихся. Из птиц многочисленны: полевой и рогатый жаворонки, полевой конек. В скалах гнездятся: белопоясный и черный стрижи, сапсан, полевой воробей. Здесь же гнездится горбоносый турпан. В зимнее время отмечается концентрация белой совы, прилетающей зимовать из более северных районов. Из редких видов птиц отмечены фламинго, журавль-красавка, кулик-хрустан.Из млекопитающих обычны: длиннохвостый суслик, джунгарский хомячок, заяц-русак, лисица. Отмечены два поселения барсука. Участок может быть резерватором для восстановления дрофы.
Озеро Шира является одним из немногих мест обитания краснокнижных видов: журавля-красавки и кулика-шилоклювки. В период пролетов на озере останавлливаются лебеди (кликун и краснокнижный тундряной лебедь). Выращивают на озере птенцов огарь, пеганка и горбоносый турпан. Из млекопитающих обычны: заяц-русак, джунгарский хомячок, реже лисица.
Больший интерес в природоохранном и научном плане представляет скально-обрывный комплекс участка "Оглахты". Здесь гнездится распространенная спорадично и редкая для Хакасии клушица, каменки (обыкновенная и плясунья), удод, скалистый голубь, полевой воробей, стрижи (черный и белопоясный), городская ласточка, а также исключительно редкий для Хакасии филин, обыкновенная пустельга, огарь. Из редких видов, занесенных в Красную книгу России, на участке обитают: сапсан, балобан, возможно, степной орел и беркут, а также гнездится орел-могильник, занесенный не только в Красную книгу России, но и в Красную книгу Международного союза охраны природы (МСОП).
Фауна горно-таежной территории участка "малый Абакан" разнообразна и носит хорошо выраженный горный характер. На территории участка отмечено 11 видов рыб. Наиболее обычными являются хариус, ленок, таймень. Земноводные представлены 3 видами: сибирская лягушка,
обыкновенная жаба и сибирский углозуб. Из пресмыкающихся отмечено 3 вида: живородящая и прыткая ящерицы, обыкновенная гадюка. Разнообразен мир птиц - 139 видов. Из них 18 видов занесены в Красную книгу России, а 7 видов являются глобально редкими для Европы и Азии. Млекопитающих 50 видов. Имеются сведения о встречах вблизи южных и восточных границ красного волка, а к югу - заходы сибирского козерога и алтайского горного барана-аргали. Среди ценных охотничье-промысловых видов следует выделить довольно обычных соболя, американскую норку, рысь, бурого медведя, барсука, косулю, марала, лося и кабаргу.