Развитие анатомии как науки в России тесно связано с устройством при московских и петербургских госпиталях первых медицинских школ или, как их называли в то время, медико-хирургических школ. В этих школах впервые было введено правильное преподавание не только фармакологии, ботаники, хирургии и прочего, но и анатомии.
В московской медико-хирургической школе первым преподавателем анатомии, в 1722 г., был известный врач Николай Бидлоо, приглашенный на службу в Россию из Голландии в 1703 г. Преподавание велось частью по учебнику самого Бидлоо, напечатанному им еще до приезда его в Россию, частью по учебнику Стеф. Бланкарда. Иллюстрацией к указанным учебникам служил превосходный анатомический атлас отца Бидлоо. Кроме того, в госпитали доставлялись еще трупы «подлых людей», поднятые на улицах, и вскрывались там в присутствии учеников. Остеология изучалась по имеющимся при госпиталях скелетам и отдельным костям. С 1754 г. в московских и других медико-хирургических школах учреждаются должности постоянных преподавателей или доцентов, к числу которых принадлежал и известный доктор К.И. Щепин, отправленный в 1753 г. для усовершенствования в науках за границу. В 1762 г., возвратясь из-за границы, он вступил в должность «лекционного доктора» при московском госпитале и, между прочим, вел преподавание «анатомии в натуре». Остеология изучалась на костях, а прочие части человеческого тела — на фигурах и на трупах. В то же время при петербургских госпиталях устраиваются также школы, по образцу московских, при чем в этом деле особенно живое участие принимал тот же Щепин, который в 1764 г. был переведен на службу в Санкт-Петербург. В медико-хирургической школе петербургского сухопутного госпиталя анатомию читал сам Щепин (на русском языке) и доцент А. фон Меллен (на немецком языке). После ухода Щепина, в московском госпитале анатомию читал на латинском языке Энгель, а в обоих петербургских госпиталях, по смерти Меллена, преподавание анатомии принял на себя (в 1779 г.) М.М. Тереховский. С 1780 г. медико-хирургические школы были преобразованы в училища с определенным штатом профессоров и адъюнктов.
В московском медико-хирургическом училище первым профессором анатомии, хирургии и физиологии был Я.А. Риндер, а в петербургском медико-хирургическом училище преподавание анатомии было возложено на Н.К. Карпинского, которому в помощники был назначен И.А. Загорский. Вскоре, благодаря стараниям профессоров Шумлянского и Тереховского, были приняты меры к улучшению медико-хирургических школ и в 1798 г., по предложению директора медицинской коллегии А.И. Васильева, состоялся указ об учреждении петербургской и московской медико-хирургических академий. Открытие академий состоялось в 1799 г., причем преподавателями в петербургской медико-хирургической академии были назначены Н.К. Карпинский, с прозектором И. Загорским, а в московской академии Ф. Стефан, с прозектором А. Гильденбрандтом. Кроме устройства академии, в Санкт-Петербурге было основано, при Калинкинской больнице, «Императорское калинкинское медико-хирургическое училище» (с 1783 г. институт), в котором также преподавалась и анатомия. Первым профессором анатомии в этом училище был И. Форштейн (1784). С учреждением медико-хирургических академий, а затем и первых университетов в России, собственно говоря, и начинается расцвет анатомии, причем первое место в этом отношении заняла петербургская медико-хирургическая академия, в которой преподавателями этой отрасли биологии были лучшие анатомы: профессор И.А. Загорский, И.В. Буяльский, Ф.П. Ландцерт, Н.И. Пирогов, В.Л. Грубер и целый ряд их учеников, как например, А.И. Таренецкий, П.Ф. Лесгафт, Д.С. Ермолаев и другие.
Профессор И.А. Загорский (1764 — 1846 г.) напечатал много солидных работ по разным вопросам анатомии и в 1802 г. издал известное руководство по описательной анатомии, принятое во всех русских университетах и выдержавшее пять изданий. Он же обогатил анатомический музей многими собственными и выписанными им из-за границы препаратами. И.В. Буяльский состоял профессором медико-хирургической академии с 1833 по 1844 г. и написал ряд сочинений по анатомии, судебной медицине и хирургии, из которых особенного внимания заслуживает его «анатомо-хирургические таблицы». Кроме того, он был отличным инъектором и очень искусно бальзамировал трупы для продолжительного их сохранения.
Профессор Ф.П. Ландцерт славился своим преподавательским талантом и умением чертить цветными карандашами целые анатомические картины. Гениальный Н.И. Пирогов, занявший кафедру анатомии в медико-хирургической академии в 1841 г., оказал анатомии огромные услуги, и его сочинения: «Anatomia topographica sectionibus per corpus humanum congelatum triplici directione ductis illustrata» и «Полный курс прикладной анатомии человеческого тела» пользуются всемирною известностью. Он, между прочим, в бытность свою за границей, пригласил в академию знаменитого анатома Грубера, который в 1855 г. занял кафедру анатомии и покинул академию в 1887 г. Ученая деятельность Грубера была поистине громадна и один лишь указатель всех его работ занимает 4 печатных листа in quarto. Грубер особенно изучал и описывал различного рода уклонения от нормы (аномалии) в строении человеческого тела и в этом отношении не имел себе равного в числе европейских ученых. Грубером создана целая школа анатомов, и многие из них занимали и занимают по настоящее время профессорские кафедры. К числу его учеников принадлежат: К.Ф. Гепнер (умер в 1874 г.), П.Ф. Лесгафт, А.И. Таренецкий, Д.С. Ермолаев и много других. П.Ф. Лесгафт был назначен профессором анатомии в Казанском университете, а с уходом его оттуда, в 1872 г., кафедру анатомии занял Д.С. Ермолаев. Лесгафт издал много трудов по разным отделам анатомии и в особенности по морфологии мускулатуры и отчасти по антропологии и гимнастике. С уходом Грубера из академии кафедру анатомии занял ученик его А.И. Таренецкий, который состоит профессором по настоящее время и напечатал немало ценных трудов по нормальной анатомии человека и животных и по антропологии. В Юрьевском университете своими учеными трудами по анатомии особенно известны Штида (ныне профессор в Кенигсберге) и Раубер, издавший отличный учебник по нормальной анатомии. В Московском университете кафедру анатомии занимает Д. Зернов, издавший «Руководство описательной анатомии человека», пользующееся в России вполне заслуженной известностью.