Огромное влияние на дальнейшее социально-экономическое и политическое развитие империи оказали Реформация, крестьянская война 1525-1527 гг. и вызванная ими Тридцатилетняя война 1618 - 1648 гг. реформация еще больше разъединила германию по признаку вероисповедания на протестантскую (север) и католическую (юг) части. Тридцатилетняя война явилась феодальной реакцией на Реформацию и выступление крестьянства. Она привела к ослаблению городов и буржуазии, восстановлению крепостного права в самых жестоких формах, дальнейшему усилению княжеской верхушки и закреплению раздробленности Германии. Начиная с XIII в. центральный аппарат империи во главе с императором лишь номинально являлся носителем государственной власти, а фактически находился в руках или под контролем курфюрстов. После окончательного установления верховенства римских пап над церковью император утратил положение главы церкви и перестал наделять епископов и аббатов церковными полномочиями. По Вормсскому конкордату 1122 г. духовную инвеституру отныне осуществлял папа. Император мог присутствовать на выборах церковников, но осуществлял только светскую инвеституру - наделял каноников земельными владениями.
Избрание императора стало производиться узкой коллегией князей, которая при избрании перестала учитывать права наследников умерших императоров. Император продолжал оставаться верховным судьей. Но эта прерогатива императора осталась, по существу, единственной и к тому же постепенно утрачиваемой. Император практически лишился возможности облагать налогами подданных и получал доходы только со своих собственных земель. Если же в связи со смертью вассала и отсутствием у него наследников, в казну отходили земли вассалов императора, то германское право требовало передачи таких земель другим вассалам (принцип принудительного пожалования леном). Попытки Фридриха Барбароссы возобновить императорские регалии - права на доходы от использования дорог и рек, от портов, таможен и монетных дворов, а также ввести подушевой и земельный налог окончились безрезультатно. Имперская власть не смогла создать систему центральных имперских учреждений и королевскую бюрократию. Империя не имела фактически столицы, казначейства, профессиональной канцелярии, центрального суда. После гибели династии Штауфенов в борьбе с папами в Германии с 1250 по 1273 гг. не было императора. В этот период междуцарствия были утрачены многие коронные земли и регалии, отошедшие князьям. В дальнейшем до 1356 г. императорский титул поочередно присваивался представителям многих династий, пока в 1438 г. окончательно не закрепился за Габсбургами. Император исполнял в основном функции военного и внешнеполитического координатора действий немецких феодалов. Это положение было юридически санкционировано «Золотой буллой» 1356 г., изданной германским императором и чешским королем Карлом IV.
«Золотая булла» закрепила исторически сложившуюся практику, при которой управление Германией фактически сосредоточивалось в руках 7 курфюрстов (14): трех архиепископов - Майнцкого, Кельнского и Трирского, а также маркграфа Бранденбургского, короля Чешского, герцога Саксонского, пфальцграфа Рейнского. Князья избиратели большинством голосов определяли выбор императора. «Золотая булла» подробно регламентировала процедуру выборов императора. При равенстве голосов решающий принадлежал архиепископу Майнцкому. Он подавал голос последним, был председателем коллегии, созывал собрание всей коллегии во Франкфурте-на-Майне, мог испрашивать заранее согласие других курфюрстов на ту или иную кандидатуру. Булла (6) предусматривала превращение коллегии в постоянно действующий орган государственного управления. Она имела право суда над императором и его смещения. Булла признавала полную политическую самостоятельность курфюрстов и их равенство императору. Она закрепила права их территориального верховенства, установила неделимость курфюршеств, переход их по наследству. Курфюрсты сохранили право на недра, их эксплуатацию, взимание пошлин, чеканка монеты, право высшей юрисдикции в своих землях. В Германии была оформлена олигархия нескольких крупнейших феодалов. Курфюршества были объединены только общим подданством императору и не обладали лишь правом объявлять войну и заключать мир с иностранными государствами. Курфюрсты добились того, что в последствии каждый император при избрании принимал выработанные ими условия, ограничивавшие его власть. Эти условия с XIV в. получили название «избирательных капитуляций» и сохранялись до XVIII в. С XIV - XV вв. в Германии существовали еще два имперских учреждения - рейхстаг и имперский суд. Рейхстаг (имперский день) - общеимперский съезд, с XIII в. регулярно созывался императором. Его структура окончательно оформилась к XIV в. Он состоял из трех коллегий: коллегии курфюрстов, князей, графов и свободных господ и коллегии представителей имперских городов. В рейхстаге отсутствовали представители мелкого дворянства, а также бюргерства неимперских городов. Все три коллегии заседали отдельно. Вместе собирались иногда только палаты курфюрстов и князей. Компетенция рейхстага не была точно определена. Император испрашивал его согласие по военным, международным и финансовым вопросам. Рейхстаг обладал правом законодательной инициативы. Указы, изданные императором совместно с членами гофрата (имперского совета), представлялись на утверждение рейхстага. Акты рейхстага не обладали обязательной силой и носили рекомендательный характер. В конце XV в. рейхстаг предпринял ряд неудачных попыток ввести хотя бы некоторые элементы централизации в политической системе. Вормсский рейхстаг 1495 г., провозгласивший «вечный земский мир» (запрещение частных войн), учредил имперский верховный суд по делам имперских подданных и подданных отдельных княжеств. Члены суда назначались курфюрстами и князьями (14 человек), городами (2 человека), а председатель - императором. Империю решено было разделить на 10 округов во главе с особыми блюстителями порядка из князей, которые должны были приводить в исполнение приговоры суда. Была введена особая подать на нужды управления империей - «общеимперский пфенниг». Однако значительная часть этих мероприятий не была проведена в жизнь. В империи не существовало постоянного войска, с XV в. основой имперской армии становятся отряды наемников. Наемные армии утвердились во всех немецких землях, будучи олицетворением политической раздробленности. До конца XVIII в. политический строй империи сохранял видимость сословной монархии, прикрывавшей многовластие курфюрстов, при своеобразной конфедеративной форме государственного единства. Решающую роль в юридическом оформлении политической власти князей на местах сыграла деятельность Фридриха II. В поисках поддержки в борьбе с папством он значительно расширил права духовных и светских феодалов. «Закон в пользу духовных князей» 1220 года гарантировал неприкосновенность церковного имущества, полноту их территориальной юрисдикции, право на пошлины, чеканку монеты. Владения духовной знати стали практически неприкосновенными для императорской власти. Аналогичные привилегии получили по «Закону в пользу сеньоров» 1232 г. и светские вассалы императора. В королевских городах запрещалось принимать беглых людей феодалов и церкви. Кроме того, в специальном эдикте о городских коммунах (1232 г.) запрещалось их образование без согласия сеньора. Привилегии, полученные феодальной верхушкой, к середине XIII в. сделали территориальных князей самостоятельными носителями политической власти в Германии. От классической феодальной раздробленности процесс распада на территориальные княжества отличался следующими особенностями. Это было дробление государства не на вотчины, сеньории с их вассально-иерархической зависимостью и иммунитетами (14), а на обособленные территориальные образования с полной политической властью князей. Подчинение князей императору сводилось лишь к участию в коронационном походе на Италию, явке в курию и выставлению в случае войны определенного контингента воинов. Именно отдельные княжеские государства развиваются в Германии по образцу централизованных государств. В условиях слабости центральной власти в Германии получило значительное развитие и политическая автономия отдельных корпораций - городов, их союзов, религиозных объединений. Особыми политическими правами пользовались объединение северо-германских городов - Ганза, Союз рейнских городов, Швабский союз, а также военно-религиозный Тевтонский орден.