В Российской империи право на свободу совести отсутствовало до начала XX в. Согласно российскому законодательству, каждый гражданин государства должен был являться последователем той или иной конфессии при безусловном приоритете Русской православной церкви. За критику религии («богохульство»), помимо мер церковного характера (отлучение), предусматривалось уголовное наказание. Впервые свобода совести была провозглашена в 1905 г. после принятия указа «Об укреплении начал веротерпимости». При этом следует отметить, что свобода совести в тот период понималась как право на выбор одной из существующих конфессий, но не как возможность отказа от вероисповедания.
В советское время новым правительством одним из первых был принят Указ «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» (1918 г.), согласно которому каждый гражданин обладает правом исповедовать любую религию либо не исповедовать никакой, ни одно религиозное объединение не имеет преимущества перед лицом государства и не получает поддержки с его стороны, государство не вмешивается во внутренние дела церкви, а церковь — в дела государства. Школа отделялась от церкви и, таким образом, образование становилось светским. Впоследствии закон о свободе совести вошел в Конституцию СССР 1936 и 1977 гг.
Но, несмотря на закрепленные в Конституции права граждан, в советское время свобода совести не осуществлялась в полном объеме. Советская идеология в качестве одного из основополагающих принципов выдвигала «воинствующий атеизм». Согласно этому принципу, верующие оказывались в категории лиц неблагонадежных, представляющих потенциальную угрозу для официального режима. Они не допускались к преподавательской работе, не могли избираться в местные и государственные органы власти, занимать руководящие посты и т.д. Государство вмешивалось, несмотря на декларации и законодательные акты, во внутренние дела церковных организаций. Церковь не допускалась к средствам массовой информации, к благотворительной деятельности и т.п. Таким образом, фактически проводилось разделение граждан по вероисповедному признаку.
На современном этапе положение существенно изменилось: атеизм перестал считаться государственной идеологией, права верующих были расширены, стала доступной религиозная литература, религиозные организации получили возможность использовать средства массовой информации, создавать собственные учебные заведения, проводить миссионерскую и благотворительную деятельность. Верующие, чьи религиозные убеждения не позволяют им нести воинскую службу, имеют право на замену ее альтернативными формами гражданской службы. Свобода совести обеспечивается также и запретом на пропаганду религиозной нетерпимости, реализацией принципов веротерпимости и плюрализма.
Конституция Российской Федерации 1993 г. в ст.ст. 14, 28 содержит следующие положения относительно реализации свободы совести:
...Российская Федерация — светское государство. Никакая религия не может устанавливаться в качестве государственной или обязательной.
...Религиозные объединения отделены от государства и равны перед законом.
...Каждому гражданину гарантируется свобода совести, свобода вероисповедания, включая право исповедовать индивидуально или совместно с другими любую религию или не исповедовать никакой, свободно выбирать, иметь и распространять религиозные и иные убеждения и действовать в соответствии с ними.
В настоящее время высказываются различные мнения о перспективах существования религии: от утверждения о новом подъеме религиозности в ближайшем будущем до предположения о ее отмирании перед лицом научного мировоззрения и светской идеологии.
Религия более не встречает противодействия ни со стороны науки, ни со стороны государства (за отдельными исключениями). Новый этап в ее развитии будет проходить в рамках диалога со светскими структурами и институтами. На современном этапе истории человечество как никогда остро нуждается в смысле жизни, в абсолютных, непреходящих ценностях, и религия берет на себя задачу их обеспечения.