В неудачном исходе Ливонской войны свою роль сыграла опричнина Ивана Грозного. В 16 в. Россия была монархией, единым централизованным государством, но в нём сохранялись самостоятельные владения бывших удельных князей и бояр, являвшиеся остатками феодальной раздробленности. Иван IV постоянно боролся с противниками централизации. В декабре 1564 г. Иван IV уехал из Москвы, а 3 января 1565 г. из Александровской слободы он направил два послания. Первое – митрополиту, а второе – простому люду. В них он написал, что не гневается на народ, но отказывается быть царём из-за измены бояр. 5 января делегация москвичей просила царя вернуться. Он согласился, но на условиях: страна была разделена на земщину и опричнину (опричь – кроме). В опричнину царь взял лучшие земли, изгнав оттуда неугодных ему бояр, и установил там свою неограниченную власть, создал особую казну, и опричное войско (голова и метла). Вся остальная территория называлась земщиной. В ней сохранились прежние порядки и даже был свой «царь» Семион Бекбулатович. Опричники во главе с Малютой Скуратовым по приказу царя убивали и травили бояр, а их имущество и земли переходили в собственность государства. Разорению подверглись многие вотчины и города, в том числе и Новгород. Опричнина явилась системой мер, направленных на ликвидацию пережитков феодальной раздробленности и укрепление власти царя. Однако опричнина разорила страну, а опричное войско неспособно было противостоять внешним врагам. В 1571 г. крымские татары сожгли посад Москвы. Тогда в1572 г. Иван IV отменил опричнину.
Длительные войны и опричнина разорили страну. Сократили посевные площади. Некому было работать, усилились волнения. Чтобы выправить положение в 1581 г. запретили переход крестьян в Юрьев день – «Заповедные годы» (заповедь - запрет).18 марта 1584 г. Иван IV Грозный умер. Он оставил тяжёлое наследство, приведшее в страну к периоду смутного времени.
На престол вступил Фёдор Иванович ( старшего сына Ивана Грозный убил в 1582 г.). Тихий и богобоязненный Фёдор оказался под влиянием своего шурина Бориса Годунова, который вершил российскую политику. Укрепляя свои позиции, Годунов сделал митрополитом Иова, которого в 1589 г. избрали первым патриархом всея Руси. Русская церковь стала полностью самостоятельной.
В 1597 г. был издан новый указ о закрепощении крестьян, по которому владельцы крестьян могли 5 лет разыскивать и возвращать беглецов («Урочные лета»). В 1598 г. Фёдор Иванович умер, не оставив наследника. Его младший брат Дмитрий погиб в 1591 г. в Угличе при загадочных обстоятельствах. Династия Рюриковичей угасла. На престол вступил Борис Годунов, предки которого были выходцами из Золотой Орды.