Деятельность Россельхознадзора регулируется положением о Федеральной службе по ветеринарному и фитосанитарному надзору, утвержденным Постановлением Правительства от 30 июня 2004 г. № 327 «Об утверждении Положения о Федеральной службе по ветеринарному и фитосанитарному надзору». Россельхознадзор является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере ветеринарии, карантина и защиты растений, использования пестицидов и агрохимикатов, обеспечения плодородия почв, селекционных достижений, охраны, воспроизводства, использования объектов животного мира, отнесенных к объектам охоты, водных биологических ресурсов и среды их обитания, а также функции по защите населения от болезней, общих для человека и животных (п. 1 Положения). Россельхознадзор руководствуется в своей деятельности Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства, международными договорами Российской Федерации, актами Министерства, а также Положением о Россельхознадзоре (п. 3 Положения). Россельхознадзор самостоятелен в осуществлении своих полномочий, установленных федеральными законами, актами Российской Федерации и Правительства. При осуществлении своих полномочий Россельхознадзор непосредственно взаимодействует с другими органами государственной власти и органами местного самоуправления, если иной порядок не установлен федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства. Структура центрального аппарата Россельхознадзоравключает в себя руководство Россельхознадзора (Руководитель Россельхознадзора, его заместители) и Управления Россельхознадзора. В составе управлений Россельхознадзора создаются отделы. Структура и штатное расписание центрального аппарата Россельхознадзора утверждаются Руководителем Россельхознадзора (в пределах установленных Правительством фонда оплаты труда и численности работников). В штатное расписание Россельхознадзора включаются должности, предусмотренные перечнем должностей федеральной государственной гражданской службы. Управления Россельхознадзора обеспечивают деятельность Россельхознадзора и осуществляют свои функции в соответствии с настоящим Регламентом, положениями о них, утверждаемыми Руководителем Россельхознадзора, а также поручениями Руководителя Россельхознадзора и его заместителей. Планирование и организацию работы Россельхознадзора и его территориальных органов осуществляет Руководитель Россельхознадзора. Россельхознадзор организует свою работу и работу территориальных органов в соответствии с планами и показателями деятельности, утверждаемыми Министром. Планы и показатели деятельности Россельхознадзора и его территориальных органов представляет в Правительство Министр. Управление делами Россельхознадзора проверяет соответствие проектов приказов нормам законодательства РФ.