На протяжении длительного времени представления об окружающем мире и вера не были разделены. Накопление информации об окружающей среде на ранних этапах становления человеческого общества осуществлялось в рамках мифологического, а далее религиозного миропонимания.
Эмпирически найденные приёмы охоты, обработки земли и создания орудий закреплялись авторитетом религии как данные свыше установления.
В разных мифах, эпосах, сказаниях различных народов мира классическим сюжетом является повествование о том, как Бог дарует людям плуги, кузнечные, ткацкие и иные ремесленные орудия и научает людей, как возделывать землю, строить дома, изготавливать посуду, ткать ткани и т.д. Таким образом, зарождались освященные традиции.
Выделение естественнонаучных знаний изначально осуществлялось в рамках религии. Лишь посвящённым открывались тайны мира. Научные знания о мире считались священным даром. Учёными являлись священнослужители (жрецы) и теологи.
В Древнем Египте, Ассирии, Вавилоне, Китае при монастырях и храмах возникали системы исчислений и осуществлялись первые эксперименты. Древние жрецы могли определять периоды лунных и солнечных затмений, решать уравнения, определять площади. Уже тогда люди смогли изобрести календарь на основе естественнонаучных знаний о сезонных явлениях.
Египетские жрецы обладали большим запасом знаний в области химии, медицины. Они могли вовремя оповестить население о предстоящем разливе Нила. Именно в Древнем Египте служители храмов смогли изобрести папирус, ставший основой появления письменности.
Различные теоретические понятия, используемые в естествознании, тоже были сформированы в рамках религиозных мировоззрений. Например, проникновение чисел в природу объяснялось как специфический путь постижения сущности мира.
В средние века религия приобрела очень большую силу. Она стала главным флагманом жизни людей в Европе. В этот период развитию естествознания препятствовали многие религиозные убеждения, а те знания, которые всё же были получены, стремились загнать в рамки представлений о христианстве. В период Средневековья знания о природе обязаны были вписываться в религиозную картину мира. Если кто-то осмеливался вый т за эти жёсткие рамки, он получал строжайшее наказание.
Однако с наступлением эпохи Возрождения естествознание стало всё чаще подвергать сомнению религиозные догмы. Большую остроту получили взаимоотношения естествознания и религии в 16-17 вв. Один из конфликтов разгорелся вокруг гелиоцентрической системы движения небесных тел, созданной Николаем Коперником. Данная система значительно подрывала религиозное представление о Земле как центре Вселенной.
В 1600 году за свои естественнонаучные взгляды, основанные на гелиоцентрических представлениях, был сожжён Джордано Бруно. Галилео Галилей был заточен в тюрьму пожизненно.
Несмотря на запрещённость работ Николая Коперника его идеи продолжили своё распространение. Естественнонаучные взгляды уже не были столь чужды христианству. Исаак Ньютон открыл законы механики будучи христианином. Он полагал, что всё сущее не могло возникнуть из простой физической необходимости, поэтому всё разнообразие сущее объяснял волей Творца.
Благодаря развитию естествознания в период Нового времени, на смену религиозной картины мира пришла механическая картина мира. Она не отрицала Бога: он признавался в качестве первоначального творца материи. На данной естественнонаучной основе зародилась новая философская теория – деизм, который был противопоставлен существующей религии. В рамках деизма бог имел значение мирового разума, которому принадлежит создание механизма законов природы.
В 19 веке быстрое накопление естественнонаучных знаний привело к созданию новой картины мира. Огромное значение при этом имело открытие клеточного строения живых организмов, а также возможность синтеза органических соединений из неорганических.
В середине 19 века возник новый серьёзный конфликт между религией и естествознанием. В первую очередь это было обусловлено появлением теории Ч. Дарвина, которая вступила в серьёзное противоречие с религиозными воззрениями.
В двадцатом веке с развитием генетики, ядерной энергетики и других инновационных направлений естествознания позиции религии всё больше ослабевали.
К настоящему времени естествознание находится на грани вторжения в человеческую сущность. Однако до сих пор многие вопросы остаются неизведанными человечеством, поэтому зачастую религия признаётся и находит своих союзников.
В настоящее время естествознание оказывает значительное влияние на формирование мировоззрения, которое отрицает религию. В то же время часто отмечается адаптация религиозных воззрений к современным условиям существования человечества. В связи с этим среди теологов отмечаются разные взгляды на естествознание.
Некоторые теологи придерживаются теории творения, не отрицая теории большого взрыва, генных мутаций и др. Например, в 1970 году в США был основан Институт креационных исследований.
Попытки использования естественнонаучных знаний для доказательств существования Творца делались не только представителями христианства. Так, теолог из Турции А. Октар, рассматривая многочисленные объекты органического мира, обосновывал, что они настолько сложны и недоступны человеческому мозгу, что могли быть созданы только аллахом.
Некоторые теологи считают естествознание своего рода религией. Согласно их убеждениям, естествознание, как и религия, постигает трансцендентные объекты, которые выходят за пределы непосредственно наблюдаемого. Религия и естествознание стремятся постигнуть реальность действительность посредством аналогичных понятийных конструкций. Таким образом, данные теологи считают, что познание человечеством сущности жизни возможно только в условиях объединения естествознания и религии.