В соответствии с Конституцией РФ и Законом «О Совете министров – Правительстве РФ» оно наделено самыми широкими полномочиями. Правительство РФ контролирует процесс разработки и исполнения федерального бюджета, осуществление единой политики в области финансов, денег и кредита. Оно контролирует и регулирует финансовую деятельность федеральных министерств и ведомств, направляет деятельность подведомственных ему органов финансового контроля. При Правительстве РФ действует Межведомственный совет по государственному финансовому контролю, созданный согласно Постановлению Правительства РФ от 2 февраля 1996 г. для координации контроля над государственными средствами. В Совет входит председатель Центрального банка, руководитель Федерального казначейства, руководители финансово-контрольных органов. Важнейшее место в системе финансового контроля занимает Министерство финансов РФ. Оно разрабатывает и проводит финансовую политику страны, а также контролирует ее осуществление органами исполнительной власти. Все структурные подразделения Министерства финансов в той или иной форме контролируют финансовые отношения. Прежде всего Минфин осуществляет финансовый контроль в ходе разработки проекта федерального бюджета; контролирует поступление и расходование бюджетных средств и средств федеральных внебюджетных фондов; проводит валютный контроль; контроль направления и использования государственных инвестиций, выделяемых на основе решений Правительства РФ. По результатам контроля Минфин вправе требовать устранения обнаруженных нарушений, ограничивать и приостанавливать финансирование из федерального бюджета предприятий и организаций, которые осуществляют незаконное расходование средств и не предоставляют соответствующую отчетность, а также взыскивать государственные средства, использованные не по назначению, с наложением предусмотренных штрафов. Большую роль в проведении финансового контроля играет утвержденное Минфином Методическое руководство по организации бухгалтерского учета в стране, а также осуществление аттестации аудиторов и лицензирования аудиторской деятельности (кроме аудита банков). Необходимо отметить, что контрольные полномочия Минфина распространяются на финансовые средства только на федеральном уровне. Бюджетное законодательство предусматривает финансовую самостоятельность субъектов Федерации и органов местного самоуправления, которые несут ответственность за формирование и использование своих бюджетов и средств внебюджетных фондов.