Развитие патологической анатомии в России происходило непосредственно в связи с клиниками. Регулярно проводились вскрытия трупов умерших в госпиталях. Вскрытия в России начали проводить официально и регулярно еще в первой половине XVIII в., в Московской медико-хирургической академии, – это раньше, чем в других странах. В Московском университете, Петербургской медико-хирургической академии преподавание патологической анатомии велось анатомами в курсе нормальной анатомии, а также клиницистами в курсах патологии и терапии. Надо отметить то, что русские врачи понимали большое значение патологической анатомии для клиники. И В Буяльский, И Е Дядьковский, Г И Сокольский, Н И Пирогов начали чтение специального курса лекций, которые были посвящены проблемам патологической анатомии. Чтение этих лекций происходило еще до создания специальных кафедр патологической анатомии. Первым профессором патологической анатомии в московском университете стал А И Полунин (1820–1888 гг.). В своих работах А. И. Полунин отмечал значение нервной системы в различных патологических процессах, которые происходят в организме. Полунин критиковал целлюлярную теорию Вирхова, гуморальное учение Рокитанского. Он считал, что для организма человека одинаково большое значение имеют и твердые части, и соки, а также был уверен, что изменения, которые происходят в чем-то одном (твердой части или соке), влекут за собой изменения в другом. После того как Полунин возвратился из поездки по Западной Европе в 1845 г., он отмечал, что в некоторых странах (например, в Германии) клинические врачи уделяли недостаточное внимание патологической анатомии. А. И. Полунин писал: «Учащиеся не имеют права присутствовать при вскрытиях всех умерших в Charite. Самые вскрытия производятся большей частью небрежно, поверхностно. Вообще нельзя не упрекнуть клинических преподавателей берлинских в неизвинительном небрежении к патологической анатомии». В Петербургской медико-хирургической академии в 1859 г. была организована самостоятельная кафедра патологической анатомии. В Петербурге видным патологоанатомом был М. М. Руднев (1837–1878 гг.). Микроскоп стал для студентов академии чуть ли не повседневным прибором исследования – это заслуга М. М. Руднева. Он неоднократно отмечал большое значение патологической анатомии для клинических дисциплин. М. М. Руднев придавал большое значение нервной системе в патологических процессах. Руднев пользовался экспериментальными методами в своих исследованиях, которые он проводил в различных областях патологической анатомии. Он, так же как и Полунин, критиковал учение Вирхова: «Неверно, что вся сущность болезненных расстройств приписывалась изменению клеточных элементов, ибо болезни могут состоять в изменении как плотных, так и жидких частей тела».