Таваккул-султан недолго находился на службе при бухарском дворе вскоре он порвал с Абдуллой и вернулся в родные степи, вскоре ему удалось захватить верховную власть в государстве и стать ханом. Уже в 1586 г. Таваккул привел большую, но плохооснащенную армию под стены Ташкента, угрожая овладеть городом. Гарнизон и ополчение Ташкента встретили казахов в поле. Оробев в начале, ташкентцы увидели, что казахи слабо вооружены и «вместо панцирей и куяков у них шубы и ергаки», увидев такое зрелище ташкентца первыми завязали сражение, но были легко разгромлены казахами. Положение спас Абдулла, приславший дополнительные войска, Таваккул, дошедший к тому времени до Сайрама счел за лучшее отступить. В последующие 12 лет о Таваккуле имеются лишь обрывочные сведения. Интересным фактом являются его обмены посольствами с Московским государством. Таваккул предлагал царю Федору Михайловичу заключить военный союз и в обмен на огнестрельное оружие воевать с Сибирским и Бухарскими ханствами. Переговоры в целом ни к чему не привели. Хан Таваккул в русских документах этого времени назван «царем казацким и калмацким», что указывает на основное направление военной экспансии хана. Судя по всему, Таваккул сумел покорить определенную часть калмыков, и как указывают источники «брата своего Шахмагомет-царевича посадил на колмакех». В то же время Таваккул тщательно подготавливал почву для своего будущего вторжения в Мавераннахр. В 1598 г. он вновь выступил против Бухарского ханства. Абдулла выслал против Таваккула войска, но они были наголову разбиты казахами в сражении между Ташкентом и Самаркандом. Вскоре после этого Таваккул захватил Ташкент, Туркестан, Фергану, Андижан и Самарканд. Пир-Мухаммед-хан укрепился в Бухаре и держался 12 дней, на тринадцатый день Бухарцы совершили отчаянную вылазку и добились успеха. Однако война продолжалась, на помощь Пир-Мухаммеду пришел его брат Баки-Мухаммед с многочисленными войсками. В течение тридцати дней происходили ожесточенные столкновения и успех был большей частью на стороне узбекских воинов. В конце-концов Таваккул совершил ночную атаку на войска бухарцев, но в этом бою хотя и погибли от руки воинов Тевеккель-хан Сеид-Мухаммед-султан, родственник Пир-Мухаммед-хана и Мухаммед-Баки аталык, диванбеги, тем не менее, и сам Тевеккель-хан получил рану и успеха не имел никакого. Хан отступил в Ташкент и скончался от полученной раны. Правление Есим-ханаТрон Казахского ханства занял его младший брат Есим. Вскоре между узбеками и казахами был заключен мирный договор; казахи отказались от Самарканда, но оставили за собой Ташкент, Туркестан и большинство присырдарьинских городов, а также на некоторое время Фергану. Разумеется, бухарские ханы не могли примириться с утратой обширных территорий и всеми силами пытались вернуть их обратно, это привело к целой череде кровопролитных войн. В 1603 г. казахский правитель Ташкента Кельди-Мухаммед-хан отразил нападение бухарского Баки-Мухаммед-хана и даже осадил Самарканд, однако уже в 1607 г. бухарские войска заняли Ташкент, однако вскоре казахи под командованием Есим-хана вновь овладели городом. В 1611 г. казахские правители Абулай, Кучик и сын Есим-хана Джанибек помогли взойти на Бухарский престол Имамкули-хану, в результате этой акции Есим-хан стал править Ташкентом, Туркестаном, Сузаком и Сыгнаком. Вскоре однако Имамкули-хан решил сделать ставку на честолюбивого казахского правителя Турсун-султана. При его поддержки ему удалось вновь отбить Ташкент и даже вынудить Есим-хана бежать в Моголистан, где он в течение нескольких лет принимал участие в интригах и междоусобиях этого государства. Правителем Ташкента стал султан Турсун, вскоре провозглашенный ханом. Вначале Турсун признавал верховную власть бухарского хана, но вскоре отказался собирать налоги в пользу казны Бухары и даже стал чеканить собственную монету. Имамкули-хан выступил с войском против казахов, но потерпел поражение и отступил. В последствие он неоднократно пытался усмирить Турсуна и овладеть Ташкентом, но в большей части битв терпел поражение от Турсуна. Через некоторое время в Казахстан вернулся Есим. Турсун и Есим помирились и заключили клятвенный договор о том, что Турсун будет решать среднеазиатские проблемы, а Есим вести борьбу с джунгарами. В 1627 г. Есим отправился в поход и нанес джунгарам поражение. В это время Турсун предательски напал на ставку Есима и пленил всю его семью. Возвратившемуся из похода Есиму, Турсун-хан устроил засаду, но был разбит Есимом. После его смерти Есим вновь вернул себе ханский титул. Однако пережил он своего соперника ненадолго и умер в 1628 г. Есиму наследовал его сын Джанибек, про обстоятельства правления которого известно крайне мало, зато уже в его правление выдвигается его младший брат Джангир.