Некаторых мясцовых праваслаўных лідэраў прывабіў сваёй жыццяздольнасцю каталіцкі захад. Яны ўбачылі шлях да пераадолення духоўнага крызісу ў заключэнні уніі з Рымам. Гэты шлях быў рэалізаваны ў выглядзе Берасцейскай уніі. Новы накірунак хрысціянства – уніяцтва – быў аформлены на Берасцейскім саборы 1596 года. Ён прадугледжваў захаванне праваслаўнай абраднасці, царкоўна-славянскай мовы ў набажэнстве, але прызнаваў вяршэнства папы рымскага, каталіцкае веравучэнне. Але замест спакою унія стала крыніцай раздораў. Першы напрамак рэлігійнай барацьбы – гэта пачатак літаратурна-багаслоўскай палемікі. Другім напрамкам была парламенцкая барацьба. На сеймах паміж праваслаўнымі і уніятамі адбываліся вострыя спрэчкі. Трэцяй формай рэлігійнай барацьбы была адміністрацыйная барацьба: закрыццё праваслаўных цэркваў, перадача іх і манастыроў уніятам. Па Беларусі пракацілася хваля антыуніяцкіх выступленняў. З пачатку XVII стагоддзя ўсё большую вагу пачынаюць набываць казакі. Яны пачынаюць бараніць пакрыўджаную царкву. У 1648 годзе на барацьбу з прыгнятальнікамі ўзнялося запарожскае казацтва на чале з Б. Хмяльніцкім, галоўнае патрабаванне паўстання – ліквідацыя уніяцкай царквы. У XVII–XVIII ст. на Беларусі ўзмацнілася дзейнасць каталіцкіх манаскіх. Яны праводзілі гвалтоўнае акаталічванне беларускага насельніцтва. Абаронцамі праваслаўя становяцца праваслаўныя брацтвы, якія ўзніклі ў XVI ст. Галоўны напрамак іх дзейнасці – захаванне чысціні праваслаўнага вучэння, богаслужэння і царкоўнага кіравання. Такім чынам, на працягу ўсяго існавання Рэчы Паспалітай беларускі народ вымушаны быў весці цяжкую барацьбу за сваю веру, мову, культуру.