Никакая организационная структура не может быть создана раз и навсегда в неизменной форме, процесс ее формирования и оптимизации протяжен во времени. Изменяя, совершенствуя и оптимизируя данную структуру, необходимо соблюдать ряд принципов: 1) принцип экономической эффективности. Его сущность в том, что функциональная система, финансово-хозяйственная деятельность любого предприятия неизбежно предполагает расходы. Эта система должна быть экономически целесообразной в том смысле, что все расходы оправданы прямыми и косвенными доходами; 2) принцип финансового контроля. Одним из важных способов контроля является проведение аудиторских проверок, т. е. осуществление независимых, вневедомственных проверок бухгалтерской и финансовой отчетности, платежно-расчетной документации, налоговых деклараций и т. д. ; 3) принцип финансового стимулирования. В рамках системы управления финансами разрабатывается механизм повышения эффективности работы отдельных подразделений и организационной структуры управления предприятия в целом. Достигается это путем установления мер поощрения и наказания финансового характера; 4) принцип материальной ответственности. Сложившаяся система мер поощрения и критериев оценки деятельности каждого работника предприятия должна функционировать также на основе наложения материальной ответственности, сущность которой заключается в том, что отдельные лица, имеющие отношение к управлению материальными ценностями и их хранению и перемещению, должны «отвечать рублем» за неоправданный результат своей деятельности.