Оперативный контроль использования государственных средств осуществляет действующий в рамках Минфина Департамент государственного финансового контроля и аудита, а также органы Федерального казначейства. Департамент и его территориальные подразделения должны осуществлять комплексные ревизии и тематические проверки для контроля поступлений и целевого использования средств федерального бюджета и государственных внебюджетных фондов; документальные проверки финансово-хозяйственной деятельности по решениям правоохранительных органов, а также органов государственной власти субъектов РФ и органов местного самоуправления. Органы Федерального казначейства призваны осуществлять государственную бюджетную политику, управлять процессами исполнения федерального бюджета, контролируя при этом жесткий контроль поступления и целевого использования государственных средств. На Казначейство возложены следующие задачи: 1) контроль доходной и расходной частей бюджета в ходе его исполнения; 2) контроль состояния государственных финансов и предоставление высшим органам законодательной и исполнительной власти отчетов о финансовых операциях Правительства РФ и состоянии бюджетной системы; 3) контроль состояния государственного внутреннего и внешнего долга РФ; 4) контроль над государственными федеральными внебюджетными фондами и финансовыми отношениями между ними и федеральным бюджетом. Органы Казначейства имеют право производить проверки денежных документов, отчетов и смет в государственных органах, банках, на предприятиях всех форм собственности, использующих средства федерального бюджета и внебюджетных фондов; приостанавливать операции по счетам в банках в случае обнаружения нарушений. Они имеют право принимать решения о взыскании в бесспорном порядке государственных средств, подлежащих возврату в бюджет, срок возврата которых истек, а также взыскивать в бесспорном порядке пени с коммерческих банков при несвоевременном зачислении ими средств, поступающих от хозяйствующих субъектов, на счета федерального бюджета и внебюджетных фондов. Следует отметить, что в настоящее время не предусмотрено серьезной административной или уголовной ответственности за нецелевое использование бюджетных средств, что резко снижает степень эффективности государственного финансового контроля.