К числу острейших проблем функционирования бюджетной системы относится проблема повышения ответственности за нарушение бюджетного законодательства. Ежегодно на уровне закона принимается бюджет и ежегодно он не исполняется. Ответственность при этом никто не несет. Допускаются случаи произвольного финансирования отдельных видов расходов и предметных статей, когда деньги выделяются на одни цели, а затем перепрофилируются на другие задачи. Заслуга Бюджетного кодекса в том, что в нем сделана попытка определить систему мер юридической ответственности за нарушение положений бюджетного законодательства. Речь идет о специальных санкциях, дополняющих действующие меры административного, уголовного, материального характера. Нарушение бюджетного законодательства – это неисполнение либо ненадлежащее исполнение порядка составления и рассмотрения проектов бюджетов, утверждения бюджетов, исполнения и контроля за исполнением бюджетов всех уровней бюджетной системы РФ. Статья 283 БК РФ дает подробный перечень разновидностей бюджетных правонарушений, которые являются основанием для применения мер государственного принуждения, в том числе: неисполнение закона о бюджете, нецелевое использование бюджетных средств, неперечисление или неполное перечисление бюджетных средств получателям бюджетных средств, несвоевременное представление отчетов и других сведений, связанных с исполнением бюджета, несоответствие бюджетной росписи закону о бюджете и др. За вышеуказанные нарушения предусмотрены следующие меры юридической ответственности: 1) предупреждение о ненадлежащем исполнении бюджетного процесса; 2) блокировка расходов; 3) изъятие бюджетных средств; приостановление операций по счетам в кредитных организациях; 4) наложение штрафа; 5) начисление пени (ст. 282 БК РФ). Часто встречается нарушение – нецелевое использование бюджетных средств, предполагающее направление и использование денежных средств на цели, не соответствующие условиям их получения, что влечет наложение штрафов на руководителей получателей бюджетных средств в соответствии с Кодексом РСФСР об административных правонарушениях, изъятие в бесспорном порядке бюджетных средств, используемых не по целевому назначению, а также при наличии состава преступления – уголовные наказания, предусмотренные Уголовным кодексом РФ. Невозврат или несвоевременный возврат бюджетных средств, полученных на возвратной основе, влечет наложение штрафов на руководителей – получателей бюджетных средств в административном порядке.