Организация и деятельность специализированных прокуратур в современных условиях обусловливается обеспечением законности в определенных сферах деятельности, которые имеют особую важность для жизнеобеспечения общества и государства. Специализированные органы прокуратуры являются неотъемлемым элементом прокурорской системы, поскольку проблемы законности в специфических сферах сохраняются. Сложились специальные прокуратуры двух типов. Первый тип: военные, транспортные, войсковых частей – осуществляющие возложенные на прокуратуру функции в полном объеме в соответствующих сферах правовых отношений. Второй тип: природоохранные и по надзору за исполнением законов в исправительных учреждениях, действующие по выполнению задач и функций прокуратуры наряду с территориальными. Организация и деятельность прокуратуры на них распространяется в полной мере. Специализированные прокуратуры служат необходимым элементом прокурорской системы. Военные прокуратуры осуществляют свои полномочия в Вооруженных Силах РФ, других войсках, воинских формированиях и органах. Систему органов военной прокуратуры составляют Главная военная прокуратура, военные прокуратуры военных округов, флотов, Ракетных войск стратегического назначения, Федеральной пограничной службы РФ, военные прокуратуры объединений, соединений гарнизонов и другие военные прокуратуры, приравненные к прокуратурам городов и районов (ст. 46 ФЗ «О прокуратуре РФ»). Военные прокуратуры обладают полномочиями: участвовать в совещаниях органов военного управления; назначать вневедомственные проверки; по предъявлению служебного удостоверения беспрепятственно входить на территории, в помещения воинских частей; проверять законность содержания на гауптвахтах; требовать обеспечения содержания лиц, находящихся на войсковых гарнизонных гауптвахтах, в иных местах содержания задержанных и заключенных под стражу (ст. 47 ФЗ «О прокуратуре РФ»). Транспортные прокуратуры осуществляют расследование преступлений, совершенных на железнодорожном, водном и воздушном транспорте; надзор за исполнением законов в деятельности органов дознания и предварительного следствия; надзор за исполнением законов в административной деятельности органов милиции. Природоохранные прокуратуры осуществляют надзор за исполнением законов об охране природы и окружающей среды, расследование экологических преступлений. Прокуратуры особо режимных объектов созданы в целях охраны государственной тайны и обеспечения установленного режима секретности на особо режимных объектах, перечень которых устанавливается Правительствам РФ. Следователи этих прокуратур расследуют уголовные дела о преступлениях, совершенных на особо режимных объектах. Эти прокуратуры находятся в непосредственном подчинении Генерального прокурора РФ.