Главный военный прокурор и подчиненные ему прокуроры обладают в пределах своей компетенции полномочиями, определенными ФЗ «О прокуратуре РФ», и осуществляют их независимо от командования и органов военного управления в соответствии с законодательством РФ. Военные прокуроры также обладают полномочиями: 1) участвовать в заседаниях коллегий, военных советов, служебных совещаниях органов военного управления; 2) назначать вневедомственные ревизии и проверки, затраты на проведение которых возмещаются по постановлению прокурора органами военного управления, где состоят на довольствии проверяемые воинские части и учреждения; 3) по предъявлению служебного удостоверения беспрепятственно входить на территории и в помещения воинских частей, предприятий, учреждений, организаций и штабов независимо от установленного в них режима, иметь доступ к их документам и материалам; 4) проверять законность содержания осужденных, арестованных и задержанных военнослужащих на гауптвахтах, в дисциплинарных частях и других местах их содержания, немедленно освобождать незаконно содержащихся там лиц; 5) требовать обеспечения охраны, содержания и конвоирования лиц, находящихся на войсковых и гарнизонных гауптвахтах, в иных местах содержания задержанных и заключенных под стражу, соответственно воинскими частями, военными комендантами, караулами по конвоированию внутренних войск Министерства внутренних дел РФ, органами и учреждениями внутренних дел РФ (ст. 47 ФЗ «О прокуратуре РФ»). Свои полномочия органы военной прокуратуры осуществляют в Вооруженных Силах РФ, других войсках, воинских формированиях и органах, созданных в соответствии с федеральными законами и иными нормативными правовыми актами (п. 4 ст. 46 ФЗ «О прокуратуре РФ»). Образование, реорганизация и ликвидация органов военной прокуратуры, определение их статуса, компетенции, структуры и штатов осуществляются Генеральным прокурором РФ, приказы которого по этим вопросам реализуются в соответствии с директивами Генерального штаба Вооруженных Сил РФ, командования Федеральной пограничной службы РФ, других войск, воинских формирований и органов. Иные организационно-штатные вопросы решаются Главным военным прокурором совместно с Генеральным штабом Вооруженных Сил РФ, командованием Федеральной пограничной службы РФ, других войск, воинских формирований и органов в пределах установленной штатной численности (п. 2 ст. 46 ФЗ «О прокуратуре РФ»). Генеральная прокуратура РФ совместно с заинтересованными федеральными министерствами и ведомствами разрабатывает систему и методику единого учета и статистической отчетности о состоянии преступности, раскрываемости преступлений, следственной работе и прокурорском надзоре, а также устанавливает единый порядок формирования и представления отчетности в органах прокуратуры (ст. 51 ФЗ «О прокуратуре РФ»).