В соответствии с ФЗ «О прокуратуре РФ» главную военную прокуратуру возглавляет Главный военный прокурор (заместитель Генерального прокурора РФ), который имеет первого заместителя и заместителей, старших помощников по особым поручениям, статус которых соответствует статусу начальников управлений, и помощников по особым поручениям, статус которых соответствует статусу заместителей начальников управлений. Структуру Главной военной прокуратуры составляют управления, отделы (самостоятельные и в составе управлений), канцелярия и приемная. Начальники управлений и самостоятельных отделов являются старшими помощниками, а их заместители, начальники отделов в составе управлений, канцелярии и приемной – помощниками Главного военного прокурора. Положения о структурных подразделениях Главной военной прокуратуры утверждаются Главным военным прокурором. В управлениях и отделах устанавливаются должности старших прокуроров и прокуроров, старших прокуроров-криминалистов и прокуроров-криминалистов, а также старших следователей по особо важным делам и следователей по особо важным делам. В Главной военной прокуратуре образуется коллегия в составе Главного военного прокурора (председатель), его первого заместителя и заместителей (по должности), других прокурорских работников, назначаемых Главным военным прокурором. Персональный состав коллегии утверждается Генеральным прокурором РФ по представлению Главного военного прокурора. Систему органов военной прокуратуры составляют Главная военная прокуратура, военные прокуратуры округов, флотов, Ракетных войск стратегического назначения, Федеральной пограничной службы РФ, Московская городская военная прокуратура и другие военные прокуратуры, приравненные к прокуратурам субъектов РФ, военные прокуратуры объединений, соединений, гарнизонов и другие военные прокуратуры, приравненные к прокуратурам городов и районов. В военных прокуратурах, приравненных к прокуратурам городов, районов, по решению Главного военного прокурора могут создаваться прокурорские, прокурорско-следственные и следственные участки. Свои полномочия органы военной прокуратуры осуществляют в Вооруженных Силах РФ, других войсках, воинских формированиях и органах, созданных в соответствии с ФЗ и иными нормативными правовыми актами. Образование, реорганизация и ликвидация органов военной прокуратуры, определение их статуса, компетенции, структуры и штатов осуществляются Генеральным прокурором РФ, приказы которого по этим вопросам реализуются в соответствии с директивами Генерального штаба Вооруженных Сил РФ, командования Федеральной пограничной службы РФ, других войск, воинских формирований и органов в пределах установленной штатной численности.