Уже 13 лет от роду Иван заявил себя грозным государем. 29 декабря 1543 года он приказал схватить первого боярина князя Андрея Шуйского и отдать его псарям. Псари убили его, волоча по тюрьмам. Приятелей его — князя Федора Шуйского, князя Юрия Темкина, Фому Головина — разослали по разным городам. Бояре были поражены поступком молодого государя, начали, по словами летописца, иметь страх и послушание к государю. Прошел год, и опала постигла, князя Ивана Кубенского, одного из пособников Шуйских: его сослали в Переяславль и посадили под стражу. 10 сентября 1545 года отрезали язык за невежливые слова Афанасию Бутурлину. Но особенно выдался опалами 1546 год. Весной великий князь отправился с войском в Коломну по вестям, что Крымский хан идет к Москве. Здесь, во время прогулки за городом, великий князь был остановлен новгородскими пищальниками, которые обратились к нему с каким-то челобитьем. Но Иван не был расположен их слушать и велел им идти прочь. Пищальники не послушались, а когда великий князь приказал сопровождавшим его дворянам «отослать» их, они вступили с ними в бой. Великого князя не пустили ехать в Коломну, и он должен был возвратиться туда в объезд. После того Иван велел своему дьяку Василию Захарову разузнать, по чьему наущению пищальники допустили такое своеволие. Дьяк оговорил князя Кубенского и двоих Воронцовых. В великой ярости Иван велел казнить князя Кубенского и Воронцовых; людей близких к ним разослали в ссылку. По словам Курбского в то же время погибли и другие лица: убит был Федор Невежа, удавлен был пятнадцатилетний князь Михаил Трубецкой, были казнены князья Иван Дорогобужский и Федор Овчина-Оболенский. Очень может быть, что все эти опалы и казни были результатом борьбы боярских партий, происков, интриг. Но раз воля государя-мальчика приобрела такое значение, что стали возможны страшные злоупотребления ею, это только резче оттеняло отрицательные стороны установившегося в Москве абсолютизма. Впрочем, несомненно, что уже в это время Иван Васильевич проявил большую самостоятельность в образе мыслей и действиях. Рассказав о том, как шестнадцатилетний Иван захотел венчаться на царство, современник замечает: митрополит и бояре плакали от радости, видя, что государь так молод и уже сам понимает дела и ни с кем не советуется. Эта радость была, однако, преждевременна. Юный царь не начал еще жить умом, а продолжал жить страстями и находиться под чужим влиянием. Его расположением овладели родственники Глинские. Находясь в приближении и жаловании у государя, Глинские распустили своих людей, от которых черным людям было большое, насильство и грабеж. Угодники их и приятели из бояр делали, что хотели, и нельзя было добиться на них суда и управы. Весной 1547 года явились к Ивану в село Островское 70 псковичей с жалобами на наместника своего князя Турунтая Пронского. Царь, — рассказывает псковский летописец, — опалился на жалобщиков и бесчестил их: обливая горящим вином, палил им бороды и волосы, жег свечами и приказал раздеть их донага и положить на землю. И только случай спас псковичей: в Москве упал колокол-благовестник, и смущенный царь, бросив псковичей, поехал немедленно же к Москве и не «истерял псковичей. По словам Курбского, в это время все честные бояре молчали; шуты и скоморохи забавляли юного царя, а льстецы славили его мудрость.