Как я уже говорил, смуты в церковной жизни порождались тем, что избрание Патриарха было прерогативой султана. Архиереи практически никак не могли повлиять на избрание Патриарха. Поэтому наиболее ревностные Патриархи стремились как-то отменить этот порядок, то есть сделать процедуру избрания Патриарха более соответствующей канонам Церкви. В середине XVIIIв. Патриарх Самуил, видя, что патриаршество находится в очень сильной зависимости от турецкого правительства и, обладая замечательными администраторскими способностями, провел очень важную реформу в управлении Константинопольской Патриархией. Эта реформа была проведена в 1764г. и состояла в том, что постоянными членами синода стали восемь старейших митрополитов, называемых геронтами (то есть по-гречески старцами) и для решения любого вопроса требовалось их согласие, а в состав синода были введены архонты (крупные землевладельцы, собственники) из числа знатных греков. Очень часто в литературе можно встретить выражение греки – фанариоты. Греками – фанариотами назывались греки, проживавшие в квартале Константинополя, называемом Фанар. К XVIIIв. греки-фанариоты стали иметь большое влияние в Турции, и именно их стремился использовать Патриарх Самуил, для того чтобы укрепить патриаршество. Эти греки разбогатели, находясь на морской службе у турецкого правительства (турки очень активно привлекали греков к морскому делу), и смогли после этого существенно влиять на политическую обстановку в империи.
В Константинопольском синоде кроме восьми старейших митрополитов принимали участие и другие архиереи, находящиеся по случаю в столице, но без подписи и без согласия восьми геронтов или большинства из них не решалось ни одно церковное дело. Эти восемь митрополитов-геронтов получили возможность оказывать достаточно сильное влияние на избрание Патриархов, четверо из них были епископами, а четверо мирского звания. Четверо епископов имели у себя часть патриаршей печати. Дело в том, что все патриархи до Самуила, с разрешения султана, имели печать, и без этой печати никакое решение Патриархии не было действительным. Самуил же разделил эту печать на пять частей: центральная часть находилась у Патриарха, а четыре остальных были у епископов – геронтов, и после этого никакая бумага без согласия геронтов – четырех старейших архиереев не могла быть принята. Эта реформа была очень важна для укрепления греческого патриаршества.
Надо сказать, что патриарх Самуил упразднил и последние автокефальные Церкви: в 1766 г. Печскую Патриархию и в 1767 г. Охридскую архиепископию, просуществовавшую благодаря авторитету своего основателя достаточно долго. Кроме того, поскольку вся основная власть, как церковная, так и государственная, была сосредоточенна в руках Константинопольского Патриарха, в период правления Патриарха Самуила остальные Патриархи - и Антиохийский, и Александрийский, можно сказать, поставлялись от него.