Основной таксономической единицей систематики бактерий является вид. Вид – это эволюционно сложившаяся совокупность особей, имеющая единый генотип, который в стандартных условиях проявляется сходными морфологическими, физиологическими, биохимическими и другими признаками. Вид не является конечной единицей систематики. Внутри вида выделяют варианты микроорганизмов, отличающиеся отдельными признаками: 1) серовары (по антигенной структуре); 2) хемовары (по чувствительности к химическим веществам); 3) фаговары (по чувствительности к фагам); 4) ферментовары; 5) бактериоциновары; 6) бактериоциногеновары. Бактериоцины – вещества, продуцируемые бактериями и губительно действующие на другие бактерии. По типу продуцируемого бактериоцина различают бактериоциновары, а по чувствительности – бактерициногеновары. Свойства бактерий: 1) морфологические; 2) тинкториальные; 3) культуральные; 4) биохимические; 5) антигенные. Виды объединяют в роды, роды – в семейства, семейства – в порядки. Более высокими таксономическими категориями являются классы, отделы, подцарства и царства. Патогенные микроорганизмы относятся к царству прокариот, патогенные простейшие и грибы – к царству эукариот, вирусы объединяются в отдельное царство – Vira. Все прокариоты, имеющие единый тип организации клеток, объединены в один отдел – Bacteria, в котором выделяют: 1) собственно бактерии; 2) актиномицеты; 3) спирохеты; 4) риккетсии; 5) хламидии; 6) микоплазмы. Для систематики микроорганизмов используются: 1) нумерическая таксономия. Признает равноценность всех признаков. Видовая принадлежность устанавливается по числу совпадающих признаков; 2) серотаксономия. Изучает антигены бактерий с помощью реакций с иммунными сыворотками; 3) хемотакcономия. Применяются физико-химические методы, с помощью которых исследуется липидный, аминокислотный состав микробной клетки и определенных ее компонентов; 4) генная систематика. Основана на способности бактерий с гомологичными ДНК к трансформации, трансдукции и конъюгации, на анализе внехромосомных факторов наследственности – плазмид, транспозонов, фагов. Чистая культура – это бактерии одного вида, выращенные на питательной среде.